个别员工1月份工资在3月份申报个税，如果符合税务机关的规定且没有违反相关法律，则是合法的。具体分析如下：

一. 个税申报的一般规定

1. 根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关税收法规，纳税人应在每月取得收入后的次月15日内向税务机关报送纳税申报表并缴纳税款。这意味着，通常情况下，1月份的工资应在2月份申报个税。
2. 个人所得税遵循“收付实现制”原则，即实际取得（发放）所得的月份来确定纳税义务发生时间。

二. 特殊情况下的个税申报

1. 如果遇到法定节假日、税务系统调整或其他特殊情况，税务机关可能会调整报税期限，并提前公告。在这种情况下，纳税人应按照税务机关的通知进行报税。
2. 对于个别员工而言，如果其1月份的工资因某种原因（如公司财务处理延迟、员工个人原因等）在3月份才进行申报，并且这种延迟得到了税务机关的认可或没有违反相关税收法规，那么这种申报是合法的。

三. 注意事项

1. 纳税人应密切关注税务机关的通知和公告，以确保及时了解报税期限的调整和相关税收政策的变化。
2. 如果个别员工存在多处收入或特殊情况，可能需要自行进行年终汇算清缴，以确保税收的准确性和合规性。

综上所述，个别员工1月份工资在3月份申报个税是否合法，取决于具体情况和税务机关的规定。如果符合税务机关的规定且没有违反相关法律，则是合法的。我建议您在实际操作中咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保个税申报的准确性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。