针对您提出的“自建房转为经营性用房未取得房屋安全鉴定合格证明，哪个部门会进行处罚”的问题，以下是我的详细解答：
首先，根据住房和城乡建设部等15部门联合发布的《关于加强经营性自建房安全管理的通知》中的明确规定，自建房转为经营用途的，产权人或使用人在办理相关经营许可、开展经营活动前，必须依法依规取得房屋安全鉴定合格证明。这是确保经营性自建房安全、维护公共安全的重要措施。
对于未取得房屋安全鉴定合格证明而擅自将自建房转为经营性用房的行为，相关部门将依法进行处罚。具体来说，处罚部门可能包括但不限于：
住房和城乡建设主管部门：作为经营性自建房监管的主要牵头部门，住房和城乡建设主管部门有权对违规行为进行查处，包括责令停止经营、限期整改、罚款等措施。
城市管理部门：在城市管理范围内，城市管理部门也可能对违规经营性自建房进行监管和处罚，特别是当违规行为涉及到城市规划、市容市貌等方面时。
市场监管部门：如果违规经营性自建房涉及到市场经营活动，市场监管部门也可能根据相关法律法规进行处罚，如吊销营业执照、罚款等。
在实际操作中，处罚部门可能会根据违规行为的性质、情节以及造成的后果等因素进行综合判断，并依法采取相应的处罚措施。同时，为了加强监管力度，各地还可能建立多部门协同机制，共同对违规经营性自建房进行查处和整治。
因此，我建议您在将自建房转为经营性用房前，务必依法依规取得房屋安全鉴定合格证明，以确保您的经营活动合法合规，并避免不必要的法律风险和经济损失。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业机构。