经营性自建房安全鉴定合格证明的申办流程包括多个步骤，具体如下：

一. 委托房屋安全鉴定

1. 房屋产权人（或使用人）首先需要委托一家有资质的房屋安全鉴定机构，对整栋房屋进行全面的安全检测。
2. 鉴定机构完成检测后，会出具与经营业态相适应的房屋安全鉴定合格报告。

例如，如果您的自建房打算用于开设餐厅，那么您需要确保鉴定报告明确指出该房屋适合用于餐饮经营。

二. 准备相关材料

1. 在取得鉴定报告后，您需要准备以下材料：本人身份证、房产证（或房屋租赁合同）、鉴定报告（复印件）。

三. 向村委会提出申请

1. 携带上述准备好的材料，向房屋所在地的村委会提出申办经营性自建房安全鉴定合格证明的申请。

四. 村委会核查与提交

1. 村委会在受理申请后，会及时核查房屋的基本情况，并填写核查意见。
2. 核查完成后，村委会将核查意见提交至镇城建站备案。

五. 镇城建站出具证明意见

1. 镇城建站会根据鉴定报告的结论和村委会的核查意见，出具“该房屋经鉴定为安全房屋，可用于经营活动”的证明意见。
2. 这个证明意见会在3个工作日内反馈至村委会，并且每月会汇总名单推送至行业主管部门（如县行政审批中心）。

我建议您按照上述流程逐步申办经营性自建房安全鉴定合格证明，确保每一步都符合规定要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。