利用违规自建房从事经营活动，将面临责令整改、罚款、停业整顿乃至强制拆除等处罚，具体处罚措施需结合违规情形和经营性质综合判定。以下从处罚依据、常见处罚类型、处罚程序及救济途径四个方面展开说明：

一、处罚依据：法律明确禁止违规自建房用于经营

根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的房屋，属违法建筑，由城乡规划部门责令停止建设、限期改正（无法改正的限期拆除）；逾期不改正的，可并处工程造价5%-10%的罚款。
若房屋同时违反消防、环保、市场监管等法规（如未通过消防验收、经营项目需特殊许可但未取得），还可能面临《消防法》《环境保护法》《市场主体登记管理条例》等法规的叠加处罚。例如，经营场所不符合消防安全要求，消防部门可责令停业并罚款5000元至5万元。

二、常见处罚类型：根据违规程度分层处理

1. 责令整改+罚款
   若自建房仅存在规划手续缺失（如未取得建设工程规划许可证），但房屋结构安全、符合消防等基本要求，且经营项目合法（如普通零售），城乡规划部门可能先责令补办手续，并处工程造价5%-10%的罚款（例如造价50万元的房屋，罚款2.5万至5万元）。若同时违反其他法规（如未办理营业执照），市场监管部门可责令限期登记，逾期未办的罚款1万元以下。

2. 停业整顿+高额罚款
   若房屋存在重大安全隐患（如擅自加层导致结构不稳）或经营项目违法（如无证经营餐饮、危化品），相关部门可责令立即停业，并处高额罚款。例如，经营餐饮但未通过消防验收，消防部门可罚款5万元；若同时无食品经营许可证，市场监管部门可没收违法所得，并处5万至10万元罚款。

3. 强制拆除+追责
   若房屋严重违反规划（如占用耕地、公共绿地）或存在重大安全风险（如经鉴定为危房），且无法通过整改消除影响，城乡规划部门可强制拆除，并要求恢复原状。若因违规经营导致事故（如火灾、坍塌），还可能涉及刑事责任（如重大责任事故罪）。

三、处罚程序：从调查到执行的全流程

1. 立案调查：相关部门（如城管、消防、市场监管）通过巡查、举报等途径发现违规行为后，会立案调查，收集证据（如现场照片、规划图纸、经营记录）。
   
2. 告知权利：作出处罚前，会向当事人送达《行政处罚事先告知书》，告知违法事实、处罚依据及陈述申辩权利。
   
3. 听证与决定：若当事人申请听证，相关部门会组织听证会；否则直接作出处罚决定，明确整改期限、罚款金额等。
   
4. 执行与复议：当事人需在规定期限内履行处罚（如补办手续、缴纳罚款）；逾期不履行的，相关部门可申请法院强制执行。若对处罚不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

四、关键提醒：合规经营是底线

若您的自建房存在规划或安全瑕疵，建议优先通过补办手续、加固改造等方式整改，避免因违规经营面临“停业+罚款+拆除”的多重风险。若已收到处罚通知，务必重视整改期限，及时与相关部门沟通，避免处罚升级。

如有具体案件细节（如房屋位置、违规类型、经营项目等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析处罚风险及应对策略。