对于未按规定核准、备案的非法违法建设项目，一般由县级以上地方人民政府住房和城乡建设主管部门（或相关行业主管部门，具体取决于项目类型）进行处罚。以下从多个角度进行详细分析：

1. 处罚主体的一般规定：

   • 在建设工程领域，对于未按规定进行核准、备案的项目，通常由负责建设工程管理的政府部门进行处罚。这一般指的是县级以上地方人民政府住房和城乡建设主管部门，它们负责对本行政区域内的建设工程进行监督管理。

2. 具体处罚主体的确定：

   • 处罚主体的确定还取决于项目的具体类型和性质。例如，如果是涉及危险化学品的建设项目，那么处罚主体可能是安全生产监督管理部门；如果是涉及环保的项目，则可能是环境保护主管部门。但大多数情况下，对于一般的建设工程，处罚主体是住房和城乡建设主管部门。
   • 此外，如果项目涉及多个领域或存在跨部门管理的情况，处罚主体可能是由多个部门组成的联合执法机构或由上级政府指定的部门。

3. 处罚的法律依据：

   • 处罚的依据主要是相关的法律法规，如《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国城乡规划法》等。这些法律法规明确规定了建设工程的核准、备案制度以及违反这些制度的法律责任。
   • 例如，根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。

4. 处罚的具体措施：

   • 对于未按规定核准、备案的建设项目，处罚措施可能包括责令停止施工、限期改正、罚款、没收违法所得等。具体的处罚措施取决于违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素。

5. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，如果发现未按规定核准、备案的建设项目，首先应当确认项目的具体类型和性质，以便确定正确的处罚主体。
   • 同时，应当收集充分的证据来证明违法行为的存在，如现场照片、施工记录、相关人员的证言等。
   • 在处罚过程中，应当遵循法定程序，确保处罚的合法性和公正性。

建议：如果您遇到了未按规定核准、备案的非法违法建设项目的情况，建议及时向当地的住房和城乡建设主管部门（或相关行业主管部门）报告，并提供相关证据。同时，如果您是项目的建设方或相关责任方，也应当主动配合调查和处理工作，以避免更严重的法律后果。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。