关于公司与员工签订的补偿协议中200元违约金是否合法的问题，需要分情况讨论：
若违约金条款涉及员工违反服务期约定：
- 法律依据：根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 合法性分析：如果这200元违约金是针对员工违反服务期约定的，且该数额未超过用人单位提供的培训费用中尚未履行部分所应分摊的金额，那么该违约金条款是合法的。反之，如果违约金数额超过了法定限制，则超出部分不合法。
若违约金条款涉及员工违反竞业限制约定：
- 法律依据：根据《劳动合同法》第二十三条，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 合法性分析：如果这200元违约金是针对员工违反竞业限制约定的，且双方已在合同中明确约定了竞业限制条款及违约金数额，同时用人单位也按照约定支付了竞业限制经济补偿，那么该违约金条款是合法的。但需注意，竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员，且竞业限制期限不得超过二年。
若违约金条款涉及其他情形：
- 法律依据：根据《劳动合同法》第二十五条，除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 合法性分析：如果这200元违约金并非针对员工违反服务期或竞业限制约定的，而是针对其他情形（如员工提前离职、未完成工作任务等），那么该违约金条款是不合法的。因为根据法律规定，除特定情形外，用人单位不得与劳动者约定违约金。
建议：
- 对于员工而言，在签订补偿协议时，应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定，确保自己了解并同意相关条款。如有疑问或不确定之处，应及时向用人单位或专业律师咨询。
- 对于用人单位而言，在制定补偿协议时，应确保违约金条款符合法律规定，避免因违法约定而引发劳动纠纷。同时，也应加强与员工的沟通，确保员工对协议条款有充分的理解。
若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。