补偿协议中约定违约金通常是合法的，但需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：
合法性基础
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以在合同中约定一方违约时支付一定数额的违约金，或约定损失赔偿额的计算方法。这一条款明确赋予了合同当事人在协商一致的基础上设定违约金条款的权利。补偿协议作为一种合同形式，同样适用此规定，因此，在补偿协议中约定违约金是合法的。
合法且有效的情形
意思表示真实：
- 双方在签订补偿协议时，必须基于真实的意愿约定违约金条款，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。这是确保违约金条款有效性的基础。
不违反法律法规强制性规定：
- 违约金条款必须符合《民法典》等相关法律对合同约定的基本要求和限制。如果违反法律、行政法规的强制性规定，如超出法定限额或违反特定行业的监管要求，则该条款可能无效。
不违背公序良俗：
- 补偿协议中的违约金条款不能违背公共秩序和善良风俗。其目的应是为了督促违约方履行义务，且数额在合理范围内，不得损害社会公共利益和他人合法权益。
数额合理：
- 违约金的数额应当具有合理性，通常应与违约可能造成的损失大致相当，或者在一个合理的比例范围内（如不超过合同标的额的一定比例，实践中常以30%为参考，但并非绝对标准）。过高的违约金可能被法院视为过分高于实际损失而予以适当减少。
可能无效的情形
主体不适格：
- 如果签订补偿协议的主体不具有相应的民事行为能力，如无民事行为能力人签订的补偿协议中的违约金条款，将因主体不适格而无效。
恶意串通损害他人利益：
- 双方当事人恶意串通，通过约定高额违约金来损害国家、集体或者第三人的利益，这种情形下的违约金条款是无效的。例如，为了逃避对第三人的债务而故意约定不合理的高额违约金。
以合法形式掩盖非法目的：
- 表面上是签订补偿协议约定违约金，但实际上是为了进行违法活动，如掩盖非法债务等。这种情况下，违约金条款因违反法律原则而无效。
实际操作建议
合理约定违约金：
- 在签订补偿协议时，双方应基于平等自愿的原则，合理约定违约金的数额和计算方式。确保违约金既能有效督促合同履行，又不会过分加重任何一方的责任。
明确违约情形和后果：
- 在协议中明确列出可能构成违约的情形以及相应的违约金数额或计算方法。这有助于减少未来因违约而产生的争议。
及时咨询法律意见：
- 对于违约金的具体设定及可能涉及的法律风险，建议在签订补偿协议前向我咨询，以获得更准确的法律意见和帮助。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份补偿协议，约定如果甲方未按时支付补偿款，需向乙方支付合同总金额20%的违约金。如果这一约定是基于双方真实意愿，且不违反法律法规和公序良俗，同时20%的违约金数额也相对合理（未过分高于实际可能造成的损失），那么这一违约金条款就是合法且有效的。
总之，补偿协议中约定违约金是合法的，但需满足一定条件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。