合作建房协议是否有效，与建房过程中是否按照规划建设并无直接关联，协议本身的有效性主要取决于其是否满足法律规定的生效要件。以下从多个角度为你详细分析：

1. 协议生效的基本要件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一份有效的合同（包括合作建房协议）需要满足几个基本条件：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。只要合作建房协议满足这些条件，它就是有效的，无论后续的建房过程是否按照规划进行。

2. 未按照规划建设的影响：

   • 未按照规划建设主要涉及的是行政管理和规划合规性的问题，这通常会导致行政处罚，如罚款、责令改正、甚至拆除违法建筑等。但这并不直接导致合作建房协议的无效。
   • 如果未按照规划建设导致了合同目的无法实现（例如，因为规划变更导致建成的房屋无法使用或价值大幅降低），那么这可能构成合同违约或合同解除的理由，但协议本身在签订时仍然是有效的。

3. 协议中的特别约定：

   • 如果合作建房协议中明确约定了建房必须按照规划进行，并且规定了违反这一约定的法律后果（如违约金、解除合同等），那么未按照规划建设就可能触发这些约定，导致相应的法律责任。但这同样不影响协议在签订时的有效性。

4. 法律后果与救济途径：

   • 如果因为未按照规划建设而引发了纠纷，受损方可以根据协议中的约定或法律规定寻求救济，如要求违约方承担违约责任、赔偿损失等。
   • 在极端情况下，如果未按照规划建设严重违反了法律法规的强制性规定，且这种违法性在协议签订时就是显而易见的，那么协议可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。但这种情况相对罕见，且需要具体的法律分析和判断。

建议：

• 如果你或对方担心未按照规划建设会影响合作建房协议的有效性，建议首先审查协议中的相关条款，了解双方的权利和义务。
• 如果确实存在未按照规划建设的情况，且可能引发纠纷，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律后果和救济途径。
• 在未来的合作中，建议在协议中明确约定建房必须按照规划进行，并规定相应的违约责任和救济措施，以降低法律风险。

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