结论前置：楼顶自建房是否合法，需视具体情况而定。一般情况下，未经合法审批的楼顶自建房是违法的，但若经过合法审批并符合相关要求，则可能是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、违法性分析
违反《中华人民共和国城乡规划法》
- 法律条款：根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十条，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物等建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。
- 违法分析：楼顶自建房属于新建建筑物的行为，若未经相关部门审批，未取得建设工程规划许可证，则违反了城乡规划法的规定。此类违法行为可能面临责令停止建设、罚款、限期拆除等处罚。
违反《中华人民共和国民法典》
- 法律条款：根据《中华人民共和国民法典》第二百七十二条，业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。但业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。
- 违法分析：楼顶通常被视为建筑物的共有部分，而非业主的专有部分。私自在楼顶建房可能改变建筑物的结构和荷载，对整体安全构成威胁，并侵犯其他业主对共有部分的权益，如采光、通风等。因此，此行为违反了民法典的相关规定。
违反《物业管理条例》
- 法律条款：根据《物业管理条例》第四十九条，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得改变用途，确需改变的应依法办理手续并告知物业服务企业。
- 违法分析：楼顶作为物业的共用部位，私自建房改变了其用途，且未征得相关方同意和办理手续，违反了物业管理条例的规定。
二、合法性条件
在某些特殊情况下，楼顶自建房可以是合法的，但需满足以下条件：
经过合法审批：必须向相关部门提交详细的建设方案、设计图纸等材料，并经过严格的审批程序获得批准。这包括获得建设工程规划许可证等必要的许可文件。
符合建筑安全等要求：自建房的设计、施工等必须符合建筑安全、消防安全等要求，确保不会危及建筑物的整体安全和其他业主的合法权益。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若楼顶自建房未经合法审批，可能面临被责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚。
- 若因自建房造成他人损失的，还需承担相应的民事责任和赔偿责任。
建议：
- 在进行任何建设或装修前，务必咨询相关部门或专业人士（如我这样的专业律师），确保行为合法合规。
- 若确有必要在楼顶进行建设，应严格按照法律法规的要求，提交详细的建设方案、设计图纸等材料，并经过严格的审批程序获得批准。
- 对于已存在的楼顶自建房，建议尽快咨询专业律师或政府部门，了解合规化途径或拆除的可能性，以避免潜在的法律风险和安全问题。
总结：楼顶自建房的合法性取决于是否经过合法审批并符合相关要求。未经合法审批的自建房通常是违法的，并可能面临严重的法律后果。因此，在进行任何建设活动前，请务必确保行为的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。