结论：公司按小时计算工资，但每天让工人工作12小时，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，一般情况下，若未支付加班费或未遵守工时限制，则属于违法行为。以下从不同角度详细分析：
一、工时限制角度
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果公司每天让工人工作12小时，且没有合理的调休或补休安排，那么这一行为明显超出了法定工时限制，属于违法行为。
具体分析：
- 法定工时：劳动法明确规定了劳动者的工作时间上限，这是为了保护劳动者的身心健康，防止过度劳累。
- 超时工作：公司安排工人每天工作12小时，若未获得劳动者的同意或未支付相应的加班费，且没有合理的调休安排，则违反了劳动法的规定。
二、加班费支付角度
即使公司因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但也需要按照法律规定支付加班费。如果公司未支付加班费，那么即使工人同意每天工作12小时，公司的行为仍然属于违法。
具体分析：
- 加班费标准：根据劳动法规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 未支付加班费：如果公司未按照上述标准支付加班费，那么其行为构成违法，劳动者有权要求公司支付加班费，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、特殊工时制度角度
需要注意的是，如果公司实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度，且已经获得了劳动行政部门的批准，那么每天工作12小时可能并不违法。但这种情况下，公司仍然需要确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并支付相应的加班费（如果适用）。
具体分析：
- 特殊工时制度：不定时工作制和综合计算工时工作制是针对某些特殊行业或岗位而设定的工时制度，它们允许在一定范围内灵活安排工作时间。
- 批准程序：公司实行特殊工时制度必须获得劳动行政部门的批准，并严格按照批准的内容执行。
- 平均工作时间：即使实行特殊工时制度，公司也需要确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，以保障劳动者的权益。
建议与行动
- 与公司沟通：首先，你可以尝试与公司沟通，了解公司的工作安排和加班费支付情况，看是否能够通过协商解决问题。
- 收集证据：如果公司拒绝支付加班费或违反工时限制，你需要收集相关证据，如工作记录、工资单、加班通知等，以备后续维权之用。
- 寻求法律帮助：如果与公司沟通无果，你可以向我咨询或向当地的劳动监察部门投诉，甚至提起劳动仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。
总之，公司按小时计算工资但每天让工人工作12小时是否违法，需结合具体情况判断。如果公司未支付加班费或未遵守工时限制，则属于违法行为。你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。