结论：公司规定每天上班十二小时是否违法，需根据具体情况判断。在一般情况下，这种安排违反了《中华人民共和国劳动法》关于工作时间的规定，是违法的；但在特定情况下，如特殊行业实行不定时工作制或综合计算工时工作制，并经过合法审批，或者依法延长工作时间，则可能不构成违法。
一、一般情况
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。因此，在一般情况下，如果公司规定每天上班十二小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。
二、特殊情况
不定时工作制：
- 适用于因工作性质、特点或职责限制无法按标准工作时间衡量的职工，如高级管理人员、外勤人员等。
- 用人单位应采用集中工作、集中休息、轮休调休等方式确保职工休息休假权利。
- 在此制度下，上班十二小时不一定违法，但需确保职工整体工作时间和休息权益得到保障。例如，如果职工在一段时间内集中工作，随后有相应的集中休息时间，且整体工作时间未超过法定标准，那么这种安排可能是合法的。
综合计算工时工作制：
- 以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。
- 适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工。
- 在综合计算周期内，某一日（或周）实际工作时间可超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分需按加班处理并支付加班工资。例如，如果某职工在一个月内总工作时间未超过法定标准，但其中某几天工作了十二小时，且这些加班时间得到了相应的补偿和审批，那么这种安排可能是合法的。
依法延长工作时间：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
- 第四十二条规定了在自然灾害、事故等紧急情况下，延长工作时间不受上述限制。
- 在这些情况下，如果用人单位与工会和劳动者协商一致，或符合法律规定的特殊情形，并依法支付加班工资，则安排劳动者上班十二小时是合法的。例如，在紧急抢修任务中，为了保障公共安全和利益，可能需要职工延长工作时间，此时只要符合法律规定并支付了加班工资，就是合法的。
三、劳动者权益保护
- 如果用人单位违反规定强制劳动者加班，劳动者有权拒绝。
- 若用人单位安排加班不支付加班费，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
总结：公司规定每天上班十二小时是否违法需综合考虑多种因素。在任何情况下，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。对于特殊行业或情况下的工作时间安排，需经过合法审批并采取相应的保障措施。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。