结论：食品深加工场所离垃圾站只有几米的距离是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，主要考虑是否符合相关卫生和环保标准、是否取得必要的行政许可、是否对周边环境及居民造成不良影响等因素。以下从几个关键角度进行分析：
卫生和环保标准角度：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》及相关卫生标准，食品生产经营场所应当保持环境整洁，与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离。垃圾站作为潜在的污染源，其与食品深加工场所的距离需满足卫生防护距离的要求，以防止交叉污染。
- 具体距离要求可能因地区、垃圾站类型（如生活垃圾站、医疗垃圾站等）及食品深加工场所的性质而有所不同。因此，需查阅当地的具体卫生和环保标准来确定是否合规。
行政许可角度：
- 食品深加工场所的设立和运营通常需要取得相关的行政许可，如食品生产许可证、卫生许可证等。在申请这些许可时，相关部门会对场所的选址、布局、卫生条件等进行审查。
- 如果垃圾站的存在影响了食品深加工场所的卫生条件或不符合相关规划要求，那么该场所可能无法获得必要的行政许可，从而构成非法运营。
对周边环境及居民影响角度：
- 即使食品深加工场所本身符合卫生和环保标准，但如果其运营对周边环境（如空气、水质）或居民生活造成不良影响（如异味、噪音等），也可能引发法律纠纷。
- 在这种情况下，周边居民或环保组织可能会向相关部门投诉或提起诉讼，要求食品深加工场所采取整改措施或停止运营。
建议：
- 如果您是食品深加工场所的业主或经营者，建议您首先查阅当地的相关卫生和环保标准，了解垃圾站与食品深加工场所之间应保持的最小距离要求。
- 其次，确保您的场所已经取得了所有必要的行政许可，并且符合相关规划要求。
- 最后，关注周边环境及居民的反应，及时采取措施减少对周边环境的影响，以避免潜在的法律纠纷。
可能后果：
- 如果食品深加工场所离垃圾站过近且不符合相关标准或未取得必要许可，可能会面临行政处罚（如罚款、停业整顿等）或民事诉讼（如周边居民提起的侵权诉讼）。
- 在极端情况下，如果食品深加工场所的运营对公共安全或健康造成严重威胁，还可能涉及刑事责任。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供更详细的法律建议。