施工合同中的计税方式通常被视为合同实质性条款。以下从几个方面进行详细分析：
一、实质性条款的定义与特征
实质性条款是指合同中那些对双方权利义务具有根本性影响的条款，它们直接关系到合同的目的能否实现，以及双方在合同履行过程中的核心利益。在建设工程合同中，实质性条款通常包括工程范围、建设工期、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备的供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期等。
二、计税方式在施工合同中的地位
计税方式，即确定应纳税额的方法，它直接影响到合同双方的经济利益。在施工合同中，计税方式的选择不仅关系到税费的承担，还可能影响到合同的定价、付款方式以及双方的财务成本。因此，计税方式无疑是合同中的一个重要条款。
三、计税方式作为实质性条款的理由
经济利益影响：计税方式的选择会直接影响合同双方的经济利益。不同的计税方式可能导致税费负担的不同，进而影响合同的定价和利润分配。
合同履行影响：计税方式还可能影响合同的履行过程。例如，如果合同约定采用某种特定的计税方式，而实际履行过程中却采用了另一种方式，这可能导致双方在税费承担上产生争议，进而影响合同的顺利履行。
法律合规性：计税方式的选择必须符合相关法律法规的规定。如果合同中的计税方式违反了法律法规，那么该条款可能被视为无效，从而影响合同的合法性和有效性。
四、实务中的考量
在实务中，施工合同的双方在签订合同时，应明确约定计税方式，并确保该约定符合相关法律法规的规定。如果合同中没有明确约定计税方式，或者约定不明确，那么双方可能需要根据相关法律法规的规定以及交易习惯来确定计税方式。此外，如果合同履行过程中需要变更计税方式，双方应协商一致并签订书面变更协议，以确保合同的合法性和有效性。
五、法律后果
如果施工合同中的计税方式条款被认定为非实质性条款，那么在实际履行过程中，双方可能更容易就该条款产生争议，且争议解决的成本可能较高。相反，如果计税方式被认定为实质性条款，那么双方在签订合同时就会更加谨慎地考虑该条款的内容，从而减少后续争议的可能性。
总结与建议：施工合同中的计税方式通常被视为合同实质性条款，因为它直接关系到合同双方的经济利益、合同履行过程以及法律合规性。因此，在签订施工合同时，双方应明确约定计税方式，并确保该约定符合相关法律法规的规定。如果在实际履行过程中需要变更计税方式，双方应协商一致并签订书面变更协议。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。