法院判决确定劳动关系是合法的，这基于一系列法律规定和事实认定。以下从多个角度为你详细解释：
一、法律基础与依据
《劳动合同法》及相关规定：
- 根据《劳动合同法》及相关司法解释，劳动关系是指用人单位招用劳动者为其成员，在用人单位的管理下，劳动者提供有报酬的劳动而产生的权利义务关系。法院在判决时，会依据这些法律规定，审查双方是否符合劳动关系的构成要件。
劳动关系确认的标准：
- 法院在确认劳动关系时，会参照劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》中的规定，主要考察三个方面：一是用人单位和劳动者是否符合法律、法规规定的主体资格；二是劳动者是否受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；三是劳动者提供的劳动是否是用人单位业务的组成部分。
二、法院判决确定劳动关系的合法性
事实认定与法律适用：
- 法院在判决时，会基于双方提供的证据，如工资支付凭证、社保缴费记录、工作证、招工登记表、考勤记录等，以及劳动者的实际工作情况，进行事实认定。如果证据充分，且符合劳动关系的构成要件，法院就会依法判决确认劳动关系。
法律程序的保障：
- 法院判决确认劳动关系，是经过严格的法律程序得出的结果。在诉讼过程中，双方都有机会提供证据、陈述意见，并接受法院的询问和调查。法院在判决时，会充分考虑双方的权益，确保判决的公正性和合法性。
三、法院判决确定劳动关系后的影响
对劳动者的影响：
- 法院判决确认劳动关系后，劳动者就正式成为了用人单位的员工，享有《劳动合同法》规定的各项权利，如获得劳动报酬、休息休假、社会保险和福利等。同时，如果劳动者在工作中受到伤害，且符合工伤认定条件，就可以享受工伤保险待遇。
对用人单位的影响：
- 对于用人单位来说，法院判决确认劳动关系意味着其需要承担《劳动合同法》规定的各项义务，如支付劳动报酬、缴纳社会保险费、提供劳动保护等。如果用人单位未履行这些义务，就可能面临法律责任，如支付赔偿金、被强制执行等。
四、实际案例说明
以一起实际案例为例，某劳动者在未与用人单位签订书面劳动合同的情况下，为用人单位提供了劳动。后双方因劳动关系是否存在产生争议，劳动者诉至法院。法院在审理过程中，根据劳动者提供的工资支付凭证、工作证以及用人单位的考勤记录等证据，认定双方存在事实劳动关系，并依法判决用人单位承担相应的法律责任。
五、建议与提醒
签订书面劳动合同：
- 为了避免类似争议的发生，建议用人单位与劳动者在建立劳动关系时，及时签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务。
保留相关证据：
- 对于劳动者来说，在工作中要注意保留与劳动关系相关的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等。这些证据在发生争议时，将起到至关重要的作用。
及时咨询与维权：
- 如果双方对劳动关系是否存在产生争议，或者一方未履行法律规定的义务，另一方应及时咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径，必要时可以通过法律途径解决争议。
总结来说，法院判决确定劳动关系是合法的，这基于法律规定和事实认定。双方应遵守相关法律法规，明确各自的权利和义务，以避免类似争议的发生。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。