针对您提出的“员工肺结核医疗期结束，公司怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动法和员工权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工在医疗期内是受到法律特殊保护的，公司不能随意解除劳动合同。当员工的肺结核医疗期结束后，公司应根据员工的实际身体状况和工作能力来做出合理的处理。
一、员工能从事原工作的情况
如果员工医疗期满后，身体状况恢复良好，能够继续从事原工作，那么公司应当安排员工回到原岗位工作，并保障其享有与之前相同的劳动条件和待遇。
二、员工不能从事原工作，但能从事另行安排的工作的情况
如果员工医疗期满后，由于身体原因无法继续从事原工作，但公司有其他适合员工身体状况的工作岗位，那么公司应当与员工协商，将其调整到新的工作岗位。在这种情况下，公司应确保新岗位的工作内容、劳动强度等与员工身体状况相适应，并保障员工的合法权益。
三、员工不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作的情况
如果员工医疗期满后，既无法从事原工作，也无法从事公司另行安排的工作，那么公司可以根据《劳动合同法》的相关规定，提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。在这种情况下，公司除了需要向员工支付经济补偿金外，还可能需要根据当地的规定支付一次性医疗补助费。具体支付条件和标准需结合地方规定来确定，因此建议您在处理此类情况时，先咨询当地的劳动保障部门或专业律师。
四、注意事项
合法合规：公司在处理员工医疗期满后的问题时，必须严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
沟通协商：公司应与员工进行充分的沟通协商，了解员工的实际需求和意愿，尽量达成双方都能接受的解决方案。
人文关怀：在处理此类问题时，公司应体现出对员工的人文关怀，给予员工必要的关心和支持，帮助员工度过难关。
综上所述，员工肺结核医疗期结束后，公司应根据员工的实际身体状况和工作能力来做出合理的处理。在处理过程中，公司应严格遵守相关法律法规，与员工进行充分的沟通协商，并体现出对员工的人文关怀。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，建议及时咨询当地的劳动保障部门或专业律师。