结论：在乙公司欠甲公司5万块钱且双方协商一致同意处理的情况下，甲公司的账务处理应主要依据双方协商的结果以及相关会计准则进行。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。

一、账务处理的基本原则

1. 真实性原则：账务处理必须基于真实发生的经济业务，确保会计信息的真实可靠。在此案例中，乙公司欠甲公司的5万块钱是真实存在的债权债务关系，因此账务处理应反映这一事实。

2. 准确性原则：账务处理应准确无误，包括金额、日期、对方单位等信息都应准确记录。在协商处理时，双方应明确还款金额、还款时间等关键信息，以便甲公司进行准确的账务处理。

二、双方协商一致后的账务处理方式

1. 如果乙公司同意立即还款：

   • 甲公司应收到乙公司的还款后，进行如下账务处理：
     • 借：银行存款（或现金）50,000元
     • 贷：应收账款——乙公司 50,000元
   • 这样，甲公司的应收账款减少，银行存款（或现金）增加，反映了真实的资金流动情况。

2. 如果乙公司同意分期还款：

   • 甲公司应根据双方协商的还款计划，设置相应的“分期收款”科目或使用“长期应收款”科目进行核算。
   • 每次收到乙公司的还款时，进行如下账务处理：
     • 借：银行存款（或现金）XX元（根据实际收款金额）
     • 贷：长期应收款——乙公司（或分期收款）XX元
   • 同时，如果涉及利息收入，还应根据利息收入进行相应的账务处理。

3. 如果双方同意债务重组（如乙公司以其他资产抵债）：

   • 甲公司应根据接收的资产类型和价值，进行相应的账务处理。例如，如果乙公司以一台设备抵债，且设备价值经评估为50,000元，则甲公司应：
     • 借：固定资产——设备 50,000元
     • 贷：应收账款——乙公司 50,000元
   • 如果设备价值与应收账款金额不一致，还需根据差额进行相应的调整（如计入营业外收入或营业外支出）。

三、税务处理考虑

在进行账务处理时，甲公司还需考虑税务方面的因素。例如，如果债务重组涉及资产转让，可能需要缴纳增值税、企业所得税等税费。因此，在进行账务处理前，甲公司应咨询专业税务人员或会计师，确保税务处理的合规性。

四、法律建议

1. 签订书面协议：无论双方选择哪种处理方式，都应签订书面协议明确双方的权利和义务，以避免未来可能出现的纠纷。

2. 保留相关证据：甲公司应保留与乙公司之间的所有往来函件、转账记录等证据，以备不时之需。

3. 及时咨询专业人士：在进行账务处理和税务处理时，甲公司应及时咨询专业会计师或税务人员，确保处理的准确性和合规性。

总结：甲公司在处理乙公司欠款的账务时，应根据双方协商的结果以及相关会计准则进行。无论选择哪种处理方式，都应确保账务处理的真实性、准确性和合规性。同时，甲公司还应考虑税务方面的因素，并及时咨询专业人士以获取更具体的指导和建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。