结论：在劳动仲裁期间直至法院一审、二审阶段，若公司被认定为严重违法辞退员工，员工确实有权申请公司补发工资至判决生效之日（或双方约定的工资支付截止日，若无特别约定则通常为劳动关系实际解除之日）。但具体补发工资的期限和金额需根据实际情况及法律规定综合判断。
法律背景与依据：
违法辞退的认定：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除或者终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。同时，在违法辞退的情况下，劳动关系并未合法解除，用人单位仍需承担支付工资等义务。
工资支付义务：在劳动关系存续期间，用人单位有义务按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。即使劳动关系因用人单位的违法行为而处于争议状态，这一义务也并不因此免除。
仲裁与诉讼期间的工资支付：在劳动仲裁和诉讼期间，若用人单位被认定为违法辞退员工，且劳动关系尚未合法解除，则用人单位仍需支付员工在此期间的工资。这一工资支付义务通常持续至判决生效之日或劳动关系实际解除之日（以较晚者为准）。
具体分析与建议：
补发工资的期限：
- 若仲裁或诉讼结果认定公司违法辞退，且劳动关系未在此前合法解除，则公司应补发工资至判决生效之日或劳动关系实际解除之日。
- 若双方对工资支付截止日有特别约定（如劳动合同中约定的离职日），且该约定不违反法律法规的强制性规定，则可能以该约定为准。
补发工资的金额：
- 补发工资的金额通常按照员工被辞退前的正常工资水平计算，包括基本工资、奖金、津贴等。
- 若员工在仲裁或诉讼期间提供了正常劳动，则公司应按实际提供劳动的天数和工资标准支付工资。
- 若员工因公司违法辞退而未能提供正常劳动，但劳动关系尚未解除，公司仍应支付基本工资或生活费（具体标准可能因地区而异）。
申请流程与注意事项：
- 员工应在劳动仲裁或诉讼过程中明确提出补发工资的请求，并提供相关证据（如工资单、劳动合同、辞退通知等）。
- 若仲裁或诉讼结果支持员工的请求，公司应在规定期限内履行支付义务。若公司拒不履行，员工可申请法院强制执行。
- 员工在申请补发工资时，应注意保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
可能遇到的法律后果：
- 若公司被认定为违法辞退且未按时补发工资，可能面临支付赔偿金、滞纳金等法律责任。
- 员工若因公司未按时补发工资而遭受其他损失（如生活困难、精神损害等），可依法要求公司承担相应的赔偿责任。
进一步思考：
- 在实际操作中，补发工资的期限和金额可能因具体情况而异。因此，员工在申请补发工资时，应充分了解自己的权益和法律规定，以便更好地维护自己的合法权益。
- 若员工对公司违法辞退或工资支付问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
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