结论：合同中约定“以实际出勤天数为准，不发公司统一休假的工资”是否违法，需分情况讨论。一般来说，若公司统一休假属于法定假日或带薪年休假，则该约定违法；若属于无薪事假等特殊情况，则可能不违法。以下为详细分析：
一、若公司统一休假属于法定假日
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
法律分析：
- 若合同中的约定排除了劳动者在法定假日应享有的工资待遇，则该约定违反了法律的强制性规定，是无效的。
- 劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付法定假日的工资。
二、若公司统一休假属于带薪年休假
法律背景：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条的规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
法律分析：
- 若合同中的约定排除了劳动者在带薪年休假期间应享有的工资待遇，则该约定同样违反了法律的强制性规定，是无效的。
- 劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付带薪年休假的工资。
三、若公司统一休假属于无薪事假等特殊情况
法律背景：
- 对于无薪事假等特殊情况，法律并未明确规定用人单位必须支付工资。
- 这种情况下，用人单位与劳动者之间的约定通常受到法律保护，只要该约定不违反法律的强制性规定和公序良俗。
法律分析：
- 若公司统一休假确实属于无薪事假等特殊情况，且合同中的约定是双方真实意思的表示，没有违反法律的强制性规定和公序良俗，则该约定可能是有效的。
- 但即便如此，用人单位也应当谨慎处理此类约定，避免侵犯劳动者的合法权益。例如，用人单位应当确保劳动者在签订合同时充分了解该约定的含义和后果，并确保该约定不会对劳动者的基本生活造成严重影响。
四、建议与风险提示
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资待遇和休假安排的条款。
- 若对合同条款有疑问或不满，应及时与用人单位沟通并寻求法律意见。
- 若发现用人单位违反法律规定或合同约定侵犯自己的合法权益，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律救济。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同条款时，应确保条款内容合法合规，不侵犯劳动者的合法权益。
- 若需对工资待遇和休假安排等条款进行特殊约定，应事先与劳动者进行充分沟通并取得其同意。
- 应定期对劳动合同进行审查和更新，以确保其符合最新的法律法规要求。
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