可以申请劳动仲裁主张停工留薪期工资，且工伤确认期间不影响该权利的行使。具体分析如下：

1. 停工留薪期工资的性质与法律依据
   根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。这一权利的行使不依赖于工伤认定结果，而是基于职工实际受伤且需治疗的事实。因此，即使工伤认定程序尚未完成，职工仍有权主张停工留薪期工资。

2. 工伤确认期间的权利保障
   工伤认定程序可能因调查、证据收集等原因耗时较长，但法律未规定在此期间职工需暂停主张相关权益。若用人单位拒绝支付停工留薪期工资，职工可通过劳动仲裁维护自身权益。仲裁机构会结合医疗证明、劳动合同、工资记录等证据，综合判断停工留薪期的合理性及工资标准。

3. 实务操作建议

   • 证据收集：保留劳动合同、工资条、医疗诊断证明、工伤认定申请受理通知书等材料，证明劳动关系、受伤事实及工资水平。
     
   • 仲裁时效：注意劳动仲裁的时效为1年（自知道或应当知道权利被侵害之日起计算），建议尽早申请。
     
   • 并行程序：工伤认定与劳动仲裁可同步进行，前者不影响后者受理。若工伤认定结果最终否定工伤性质，仲裁机构可能驳回相关请求，但此前程序仍合法有效。

4. 例外情形
   若用人单位能证明职工未实际停工治疗（如未遵医嘱休息、擅自从事其他工作），可能影响停工留薪期工资的认定。但此类举证责任在用人单位，职工无需过度担忧。

总结：工伤确认期间可申请劳动仲裁主张停工留薪期工资，这是法律赋予职工的独立权利。建议及时收集证据并启动仲裁程序，避免时效风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。