您好，关于您提出的“因迟到扣除全部年终奖是否合法以及何时可以恢复”的问题，这确实是一个涉及劳动法与劳动合同具体条款的复杂问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、关于合法性
劳动合同与规章制度：
- 首先，需要查看您的劳动合同中是否有关于年终奖的具体规定。如果合同中明确规定了年终奖的发放条件、标准以及扣除情形，那么公司按照合同执行是合法的。
- 如果劳动合同中没有明确规定，那么公司需要依据其内部规章制度来执行。但根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且应当公示或告知劳动者。如果公司未履行这些程序，那么其规章制度在合法性上可能存在瑕疵。
迟到与年终奖扣除：
- 迟到通常属于违反劳动纪律的行为，但公司因此扣除全部年终奖可能显得过于严苛。除非劳动合同或规章制度中明确规定了迟到达到一定次数将扣除全部年终奖，否则这种做法可能缺乏合理性。
- 根据《工资支付暂行规定》第五条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为劳动报酬的一部分，也应受到此规定的保护。
二、关于恢复年终奖
协商与沟通：
- 如果您认为公司扣除年终奖的做法不合理，首先可以尝试与公司进行协商和沟通，表达您的观点和诉求。
- 在协商过程中，您可以提供相关证据，如劳动合同、规章制度、考勤记录等，以支持您的主张。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司恢复年终奖的发放或给予相应的补偿。
- 在申请劳动仲裁时，您需要准备充分的证据来证明公司的做法是不合理的，并且您有权获得年终奖。
关注公司制度变化：
- 如果公司后续修改了年终奖制度，并且新制度更加合理、合法，那么您可能需要按照新制度来执行。但在此之前，公司应确保新制度已经履行了民主程序和告知义务。
三、建议与行动
收集证据：
- 收集与年终奖相关的所有证据，包括劳动合同、录用通知书、公司规章制度、考勤记录、绩效评估材料等。
书面要求：
- 通过书面形式向公司提出要求，要求公司出示2024年度适用的年终奖制度依据，并说明扣除全部年终奖的理由。
寻求法律援助：
- 如果您对劳动法不太熟悉或觉得处理起来比较复杂，可以寻求专业律师的法律援助，以确保您的权益得到充分保护。
综上所述，因迟到扣除全部年终奖的合法性取决于劳动合同和公司规章制度的具体规定以及是否履行了民主程序和告知义务。如果您认为公司的做法不合理，可以通过协商、申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。同时，也建议您关注公司制度的变化，确保自己的权益不受侵害。