当机关单位的内部管理条例违反了法律时，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
明确法律与内部条例的冲突：
- 员工首先需要确认内部管理条例的具体内容，并对照相关法律法规，明确哪些条款违反了法律。这要求员工具备一定的法律知识，或者能够寻求法律专业人士的帮助进行解读。
内部沟通与反馈：
- 在确认内部条例违法后，员工可以尝试与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，指出条例的违法性，并提出修改建议。内部沟通是解决问题的一种较为温和且高效的方式，有助于避免不必要的法律纠纷。
向相关部门投诉或举报：
- 如果内部沟通无果，员工可以向单位的上级主管部门、劳动监察部门或相关行政机关进行投诉或举报。这些部门有权对单位的违法行为进行调查，并要求单位进行整改。在投诉或举报时，员工应提供充分的证据，如内部条例的文本、相关法律法规的条款等。
寻求法律援助或提起诉讼：
- 如果员工的合法权益因单位违法的内部条例而受到侵害，且无法通过上述途径解决，员工可以寻求法律援助，包括咨询律师或申请法律援助机构的帮助。在必要时，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。
注意保护个人权益与安全：
- 在采取上述措施时，员工应注意保护自己的个人权益与安全。例如，在投诉或举报时，可以要求相关部门对投诉人的信息进行保密；在提起诉讼时，可以寻求律师的帮助来制定合适的诉讼策略。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位制定的内部管理条例不得违反法律法规的强制性规定，否则无效。员工有权拒绝执行违法的内部条例，并有权要求单位进行整改。
- 在处理此类问题时，员工应保持冷静与理性，避免采取过激行为。同时，员工应积极收集证据，如内部条例的文本、相关法律法规的条款、与单位的沟通记录等，以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果单位拒不整改违法的内部条例，可能会面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。同时，单位的违法行为还可能影响其声誉与信誉，对单位的长期发展产生不利影响。
进一步思考：
- 员工在维护自己合法权益的同时，也应考虑单位的整体利益与长远发展。在可能的情况下，员工可以尝试与单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 员工还可以关注相关法律法规的更新与变化，以便及时了解自己的权益与义务，为未来的职业发展做好准备。
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