结论：业务员提成通过第三方开具发票并收款，在劳动合同解除时计算补偿金的问题，关键在于该提成是否应计入劳动者的工资总额。若提成属于劳动者应得的劳动报酬，无论其通过何种方式支付，都应计入工资总额，进而作为计算经济补偿金的基数。以下从不同角度进行详细分析：
一、提成是否属于工资总额的范畴
根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资六个部分组成。提成，作为劳动者因完成一定工作任务或销售业绩而获得的报酬，本质上属于计件工资的一种形式，因此应当计入工资总额。
二、第三方开具发票并收款对提成性质的影响
实质重于形式原则：在法律上，判断一项收入是否属于工资总额，关键在于其经济实质，而非支付形式。即使提成通过第三方开具发票并收款，只要该提成是劳动者因提供劳动而应得的报酬，就应当认定为工资总额的一部分。
避免逃税与合法合规：如果业务员提成通过第三方开具发票并收款是为了逃避税收或进行其他非法活动，那么这种行为不仅违反了税收法规，也可能影响提成的合法性。然而，在合法合规的前提下，提成的支付方式并不改变其作为工资总额的性质。
三、经济补偿金的计算依据
根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。因此，如果提成属于工资总额的一部分，那么在计算经济补偿金时，应当将提成纳入平均工资的计算范围。
四、实际操作中的注意事项
保留证据：劳动者应保留与提成相关的所有证据，包括销售合同、业绩记录、提成计算方式、支付凭证等，以证明提成是其应得的劳动报酬。
协商与诉讼：如果用人单位在计算经济补偿金时未将提成纳入平均工资的计算范围，劳动者可以与用人单位进行协商，要求重新计算。如果协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
五、特殊情况下的处理
如果提成支付方式存在特殊性，如通过第三方平台支付、以非货币形式支付等，劳动者在主张提成作为工资总额的一部分时，可能需要提供更多的证据来证明其与用人单位之间的劳动关系以及提成的性质。在这种情况下，建议劳动者咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。
总结与建议：业务员提成通过第三方开具发票并收款，并不改变其作为工资总额的性质。在计算劳动合同解除时的经济补偿金时，应当将提成纳入平均工资的计算范围。劳动者应保留相关证据，并在必要时寻求法律帮助，以确保自己的合法权益得到维护。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。