单位发工资时扣税是合法的，但需满足特定条件。以下从多个角度为你详细分析：

一、合法扣税的情形

1. 代扣代缴个人所得税：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税的缴纳主体是取得应税所得的个人。然而，在实际操作中，为方便税收征管，单位作为支付所得的主体，有义务履行代扣代缴个人所得税的责任。
   • 当员工工资达到纳税标准时，单位会代为扣缴并缴纳税款给地方税务局。这是单位扣税最常见且合法的情形。

2. 扣税的具体流程与计算：

   • 单位在发放工资时，首先计算员工的应纳税所得额，这包括月工资收入减去免征额（目前为每月5000元）、累计专项扣除（如社保、公积金）、累计专项附加扣除（如子女教育、住房贷款利息等）以及其他依法确定的扣除项目。
   • 根据应纳税所得额，对照个人所得税预扣率表，确定适用的税率和速算扣除数。
   • 使用公式“本期应预扣预缴税额=（累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率 - 速算扣除数） - 累计减免税额 - 累计已预扣预缴税额”计算应缴纳的税款，并从员工工资中扣缴。

示例：假设某员工每月工资收入为10000元，三险一金每月缴纳1000元，有一个子女正在接受全日制学历教育，可享受每月1000元的专项附加扣除，没有其他减免扣除项目。则：

• 应纳税所得额 = 10000 - 5000（免征额） - 1000（专项扣除） - 1000（专项附加扣除） = 3000元；
• 应缴税款 = 3000 × 3%（税率） = 90元。

二、违法扣税或扣款的情形

虽然单位在发工资时扣税是合法的，但也存在一些违法扣税或扣款的情形，需要员工注意：

1. 无故拖欠或克扣工资（包括以扣税为名克扣工资）：

   • 单位未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬，属于违法行为。如果单位以扣税为名克扣工资，而实际上并未将扣款缴纳给税务局，或者扣款金额超过了应缴纳的税款，那么这种行为就是违法的。

2. 以不合理理由扣发工资：

   • 如以员工迟到、早退为由随意扣发工资，但未在劳动合同或规章制度中明确约定，或扣款金额明显过高，这种行为也是违法的。

3. 扣发工资后低于最低工资标准：

   • 无论何种原因扣发工资，扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果单位扣税后导致员工工资低于最低工资标准，那么这种行为就是违法的。

三、员工的权益保护

如果员工认为单位在扣税或扣款方面存在违法行为，可以采取以下措施保护自己的权益：

1. 与单位协商：

   • 首先可以尝试与单位进行协商，了解扣税或扣款的具体原因和依据，如果单位能够提供合理的解释和依据，那么员工可以接受；如果单位无法提供合理的解释和依据，或者扣款金额明显不合理，那么员工可以要求单位进行纠正。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果与单位协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对单位的违法行为进行调查和处理。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果劳动监察部门的处理结果无法满足员工的需求，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，单位在发工资时扣税是合法的，但需满足特定条件。如果员工对单位的扣税或扣款行为有疑问或不满，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。