结论：公司扣挂靠单位的钱是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同关系角度：

   • 如果公司与挂靠单位之间存在明确的合同关系，并且合同中明确规定了公司有权在特定情况下扣除挂靠单位的款项（例如，因挂靠单位违约、未履行合同义务或给公司造成损失等），那么公司扣款的行为在合同范围内是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务。如果一方未履行或未完全履行合同义务，另一方有权要求其承担违约责任，包括扣除相应款项作为赔偿。

2. 无合同或合同未明确规定角度：

   • 如果公司与挂靠单位之间没有明确的合同关系，或者合同中并未规定公司有权扣除挂靠单位的款项，那么公司扣款的行为可能缺乏法律依据，构成不当得利或侵权。
   • 法律后果：在这种情况下，挂靠单位有权要求公司返还被扣除的款项，并可能要求公司承担因此造成的损失。如果公司拒绝返还，挂靠单位可以通过法律途径（如提起诉讼）来维护自己的权益。

3. 特定行业规定角度：

   • 在某些特定行业（如建筑、运输等），可能存在行业规定或惯例，允许或限制公司扣除挂靠单位的款项。这些规定或惯例可能作为判断公司扣款行为合法性的参考依据。
   • 建议：在处理此类问题时，应首先查阅相关行业规定或惯例，了解其中的具体要求和限制。

4. 实际操作建议：

   • 核实合同内容：首先，应仔细审查公司与挂靠单位之间的合同，了解其中关于扣款的具体规定和条件。
   • 沟通协商：如果合同中存在模糊或不明确的地方，建议与公司进行沟通协商，明确双方的权利和义务。
   • 寻求法律帮助：如果无法通过沟通协商解决问题，或者认为公司的扣款行为缺乏法律依据，建议寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的权益。

进一步思考：在处理此类问题时，除了考虑合同关系和行业规定外，还应关注公司扣款的具体原因和金额是否合理。如果公司扣款的原因不合理或金额过高，可能构成滥用权利或不当得利，挂靠单位有权提出异议并要求公司进行合理解释和调整。

最后，如果你或挂靠单位遇到类似问题，且无法自行解决，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。