关于您提出的“员工手册电子版但签字也是纸质的有效么”这一问题，我们需要从多个维度来综合考量其法律效力。
首先，要明确的是，员工在员工手册上签字，这一行为本身主要是表明员工已知晓并确认了手册的内容。然而，签字并不直接等同于手册内容的合法性得到了认可。无论签字是纸质还是电子形式，其核心意义在于确认员工已经阅读并理解了手册中的条款，但并不涉及对手册内容合法性的判断。
接下来，我们探讨合法有效的员工手册需要满足的条件：
制定程序合法：员工手册的制定必须遵循合法的程序，如经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表进行平等协商。这是确保手册内容合法性的重要前提。
内容不违反法律法规：员工手册的内容必须严格遵守国家的法律、行政法规及政策规定。任何违反劳动法律法规或其他相关法律法规的条款，即使员工签字确认，也不具有法律效力。
公示或有效告知：企业应确保员工手册的内容以员工能够理解的方式得到有效公示或告知。这包括但不限于通过内部公告、电子邮件、员工会议等方式进行传达。对于电子版员工手册，企业应确保员工能够方便地访问和阅读，并在必要时提供纸质版供员工参考。
现在，我们回到您的问题本身。员工手册是电子版，但签字是纸质的，这一形式上的差异并不直接影响手册的法律效力。关键在于：
如果上述条件均得到满足，那么即使员工手册是电子版，而签字是纸质的，该员工手册仍然具有法律效力。反之，如果任何一条条件不满足，那么员工手册的某些条款或整体可能面临无效的风险。
因此，对于企业而言，在制定和实施员工手册时，应确保程序的合法性、内容的合规性，并采取有效的方式向员工进行公示或告知。对于员工而言，在签署任何文件前，都应仔细阅读其内容，了解自己的权益和义务，并在有疑虑时及时咨询专业人士。