结论：公司以你自离为由扣工资的做法不一定合法，具体是否合法需要结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
合法情况分析
公司规章制度合法且已告知你
- 如果公司有明确、合法且合理的规章制度，规定员工无故旷工达到一定天数（比如连续旷工两天）视为自动离职，并且该规章制度已经通过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），同时以合理方式（如公示、培训、签字确认等）让你知晓。
- 在这种情况下，你第二天没去上班，若符合公司规章制度中视为自离的情形，公司扣除工资的行为可能有一定合理性。但扣除工资的数额也需符合法律规定，不能随意扣除。根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 例如，你月工资为5000元，公司规章制度规定无故旷工两天视为自离，且因你的自离给公司造成了一定经济损失，公司最多只能扣除你当月工资的20%，即1000元。
劳动合同有明确约定
- 若你与公司签订的劳动合同中明确约定了员工自离的处理方式和工资扣除标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定。
- 比如劳动合同约定员工无故旷工两天属于自离，公司有权扣除当月工资的15%，那么公司按照合同约定扣除工资可能是合法的。
非法情况分析
- 公司规章制度不合法或未告知你
- 如果公司的规章制度没有经过民主程序制定，或者没有以合理方式让你知晓，那么该规章制度对你没有约束力。公司以你自离为由扣工资就缺乏合法依据。
- 例如，公司只是口头告知员工旷工两天算自离，但没有形成书面规章制度，也没有进行公示等程序，这种情况下公司扣除工资就是不合法的。
- 扣除工资数额超过法定标准
- 即使公司有合法依据认定你自离，但扣除工资的数额超过了法律规定的标准，即每月扣除的部分超过劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准。
- 比如你月工资3000元，当地最低工资标准为1800元，公司扣除你1500元工资，扣除后你剩余工资为1500元，低于当地最低工资标准，这种扣除行为就是违法的。
- 不存在自离事实或认定错误
- 如果你第二天没去上班有合理理由，比如突发疾病、遭遇不可抗力等，并且你及时向公司说明了情况，那么公司认定你自离就是错误的，以此为由扣工资自然也是不合法的。
应对建议
- 与公司协商
- 你可以先与公司进行沟通协商，向公司说明你未上班的原因，要求公司说明扣除工资的具体依据和计算方式。如果公司存在不合理扣除工资的情况，你可以要求公司补发工资。
- 向劳动监察部门投诉
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法对公司的违法行为进行调查处理，责令公司改正并补发工资。
- 申请劳动仲裁
- 你也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，提交相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录、与公司沟通的记录等），证明公司扣除工资的行为不合法，要求公司支付被扣除的工资。
如果你还有其他疑问或者需要进一步的帮助，随时都可以向我咨询，我会为你提供专业的法律服务。