在土地征收过程中，补偿协议应当与市、县级人民政府或其指定的土地征收部门以及农村集体经济组织（针对集体土地）签订。以下是对这一问题的详细分析：
一、签订主体
市、县级人民政府或其土地征收部门：
- 根据《土地管理法》及相关法规，市、县级人民政府负责本行政区域的土地征收与补偿工作，并有权确定具体的土地征收部门（如自然资源局等相关部门）来组织实施。这些政府或部门作为征收方，与被征收人签订补偿协议，确保征收工作依法依规进行。
- 举例：某市因建设需要征收某区的土地，市自然资源局作为土地征收部门，会与被征收土地的所有权人或使用权人签订补偿协议。
农村集体经济组织（针对集体土地）：
- 在集体土地征收中，除了与农户就地上附着物、青苗补偿等签订协议外，征收部门还需与农村集体经济组织就土地补偿费等事宜达成协议。这是因为农村集体经济组织是集体土地的所有权代表，负责土地补偿费的分配和使用等事项的约定。
- 举例：某县征收某村的集体土地，县自然资源局会与该村村委会或相关村民小组签订关于土地补偿费的协议。
二、协议内容审查
在签订补偿协议前，被征收人应仔细审查协议内容，确保以下关键条款得到明确和保障：
- 补偿方式：明确是货币补偿、产权调换还是其他补偿方式。
- 补偿金额和支付期限：确保补偿金额合理且支付期限明确。
- 用于产权调换房屋的地点和面积（如适用）：如果选择产权调换，应明确调换房屋的地点、面积等详细信息。
- 搬迁费、临时安置费或周转用房：确保搬迁过程中的费用得到妥善安排。
- 停产停业损失（如适用）：对于因征收导致停产停业的，应明确损失补偿。
- 搬迁期限、过渡方式和过渡期限：确保搬迁和过渡期间的安排合理且明确。
三、法律保障与建议
- 确认双方身份与权限：在签订补偿协议时，务必确认签约双方均具备合法的身份和权限，避免后续产生法律纠纷。
- 仔细阅读协议内容：协议应明确各项费用的标准、金额、支付方式以及安置途径等关键条款，确保自身权益得到充分保障。
- 及时咨询法律意见：如在签订协议过程中有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询，以获取准确的法律意见和帮助。
总结来说，土地征收补偿协议的签订涉及多个法律主体和复杂的法律关系。被征收人应充分了解相关法律法规和政策规定，积极参与协商过程，并谨慎签订协议以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。