农村土地征收时，安置补偿协议应由被征地农民与市、县级人民政府确定的房屋征收部门或农村集体经济组织、村民委员会签订。具体分析如下：
市、县级人民政府确定的房屋征收部门：
- 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，市、县级人民政府负责国有土地上房屋的征收与补偿工作，并会确定具体的房屋征收部门来组织实施。因此，若农村征地涉及国有土地上的房屋，被征地农民应与这些部门签订安置补偿协议。
农村集体经济组织或村民委员会：
- 在集体土地征收中，土地所有权归农村集体经济组织所有。因此，征收方通常会首先与农村集体经济组织或村民委员会签订土地征收补偿协议，这代表了全体村民的土地所有权利益。
- 对于具体的村民安置补偿问题，如土地补偿费的分配、地上附着物及青苗补偿费的支付等，村民可能会进一步与农村集体经济组织或村民委员会签订相关协议，以明确自身权益。
我的观点：在签订安置补偿协议时，被征地农民应仔细核实签约主体的合法性和资格，确保是与具有征地权的政府机构或其合法委托的单位签订协议。同时，应认真阅读并理解协议中的各项条款，特别是关于补偿标准、支付方式、安置措施等内容，以确保自身权益得到充分保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。