征地补偿协议应由具有土地征收权限的市、县人民政府土地行政主管部门与拥有土地所有权的主体签订才有效。这一结论基于以下法律背景和实际操作细节：
一、法律依据与签约主体
法律依据：
- 根据《土地管理法》及相关法规规定，国家征收土地需依法批准，并由县级以上地方人民政府公告并组织实施。具体征地补偿、安置方案的拟订与实施工作，则由市、县人民政府土地行政主管部门负责。
签约主体：
- 农村集体土地征收：
- 若土地属于村农民集体所有，应由村集体经济组织或村民委员会作为签约主体，与市、县人民政府土地行政主管部门签订征地补偿协议。
- 若土地分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有，则由村内各该农村集体经济组织或村民小组负责签订。
- 国有土地上房屋征收：
- 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，市、县级人民政府确定的房屋征收部门负责组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作，并与被征收房屋所有权人签订补偿协议。
二、协议签订注意事项
在签订征地补偿协议时，务必注意以下几点，以确保协议的有效性和自身权益的保障：
确认双方身份与权限：
- 确保签约双方均具备合法的身份和权限。市、县人民政府土地行政主管部门应出示相关批准文件和授权委托书，村集体经济组织或村民委员会也应提供相应的证明文件。
仔细阅读协议内容：
- 协议应明确土地补偿费、安置补助费、房屋价值补偿、搬迁费、临时安置费等各项费用的标准、金额、支付方式以及安置途径等关键条款。
- 特别注意补偿费用的计算方式和支付时间，确保自身权益得到充分保障。
了解征地程序：
- 征地程序包括征地报批前阶段、征地报批材料组卷和审批阶段以及征地批准后实施阶段。了解这些程序有助于你更好地理解征地补偿协议的签订背景和合法性。
- 在征地报批前阶段，市、县人民政府会发布拟征地公告，并告知被征地者拟征地的用途、位置、补偿标准、安置途径等。你可以在此阶段提出自己的意见和建议。
寻求法律帮助：
- 如在签订协议过程中有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询，以获取准确的法律意见和帮助。
- 特别是对于协议中的模糊条款或可能存在的法律风险，应寻求专业法律人士的协助进行解读和规避。
三、实际案例与操作建议
实际案例：
- 假设某县因建设需要征收某村的土地，县自然资源局（土地行政主管部门）会与该村村委会或相关村民小组协商并签订征地补偿协议。协议中会明确土地补偿费、安置补助费等各项费用的标准和支付方式。
操作建议：
- 在签订协议前，你可以要求查看市、县人民政府土地行政主管部门的批准文件和授权委托书，以及村集体经济组织或村民委员会的证明文件。
- 仔细阅读协议内容，特别是关于补偿费用的计算方式和支付时间的条款。如有疑问或不满，应及时提出并协商修改。
- 保留好协议原件和相关证据材料，以备后续维权之需。
综上所述，征地补偿协议的签订是一项严肃而复杂的法律行为。通过明确签约主体、法律依据以及协议签订时的注意事项，你可以有效保障自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。