关于分公司是否可以收款并开具发票，以及这一行为的合法性，这确实是一个涉及税务和公司法规定的重要问题。以下是我为您提供的详细分析：
一、分公司收款并开具发票的合规性
合同主体与发票开具主体的关系：
- 通常情况下，合同主体应与发票开具主体保持一致，以确保交易的真实性和合法性。但在实际操作中，总公司和分公司之间可能存在业务上的紧密联系，例如总公司签订合同，而分公司实际提供服务或产品。
- 在这种情况下，如果分公司确实提供了服务或产品，并且符合发票开具的条件（如具备开票资格、开票内容与实际业务相符等），那么分公司开具发票并收款是合理的。
税务规定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。
- 分公司作为独立的纳税主体（如增值税一般纳税人或小规模纳税人），有权根据其实际发生的业务开具发票。但需确保分公司具备相应的开票资格，且开票内容与实际业务一致，避免虚开发票等违法行为。
法律规定：
- 总公司与分公司之间在法律上是相互独立的责任主体，各自承担民事责任。因此，在签订合同时，应明确双方的权利和义务，包括服务或产品的提供、款项的支付以及发票的开具等事项。
- 如果总公司、分公司和客户三方签订了明确的委托收款协议，约定由分公司代为收取款项，那么分公司收钱行为可视为经过总公司授权的代收行为，具有一定的法律依据。
二、可能存在的风险及应对措施
税务风险：
- 若分公司收款并开具发票，但未提供合理的证明文件（如委托收款协议）或开票内容与实际业务不符，税务机关可能认为交易存在异常，怀疑虚开发票等税务违法行为。
- 应对措施：确保交易主体与开票主体、收款主体相一致；签订明确的委托收款协议；咨询专业税务顾问以获取具体指导，确保合规操作。
财务核算风险：
- 分公司收款并开具发票可能导致总公司与分公司之间的财务核算混乱，特别是当款项与发票流不一致时。
- 应对措施：加强总分公司之间的财务沟通和管理，确保账务处理及时、准确，保持收入和资金的匹配性。
合同风险：
- 如果合同中明确约定了收款账户为总公司账户，而实际由分公司收款，将构成合同条款的违反，可能引发合同纠纷。
- 应对措施：在合同中明确约定收款方式及账户信息，确保与实际操作相符；如需变更收款账户，应签订补充协议并征得对方同意。
三、操作建议
明确合同条款：在合同中明确约定由分公司提供服务或产品，并由分公司开具发票收款（如适用）。确保合同条款清晰、明确，避免产生歧义或纠纷。
加强内部沟通与管理：总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照合同约定和税务规定进行操作。建立完善的内部审批流程和信息共享机制，确保总公司对分公司的业务情况有充分的了解和控制。
遵守税务法规：分公司应严格遵守税务法规，确保发票的开具和税款的缴纳合法合规。如遇税务问题或疑问，应及时咨询专业税务机构或律师的意见。
综上所述，分公司收款并开具发票在特定条件下是合规的，但需满足严格的条件和要求。企业应充分考虑税法、公司法等相关法律法规的规定，确保交易的真实性和合法性。在实际操作中，建议企业咨询专业的税务顾问或律师，获取具体的法律指导和帮助。