针对“工程做完了乙方不配合”这一问题，核心在于明确乙方不配合的具体表现及合同约定，进而采取针对性措施。以下是具体分析和建议：

1. 核查合同条款，明确双方权利义务
   首先需详细审查工程合同中关于“验收”“结算”“配合义务”等条款。若合同明确约定乙方需在工程完工后提交验收资料、配合结算或签署文件，而乙方无正当理由拒绝履行，则构成违约。此时可依据《民法典》第577条，要求乙方承担继续履行、赔偿损失等违约责任。
   示例：若合同约定“乙方应在完工后10日内提交竣工资料，否则每日按合同总价0.1%支付违约金”，则可直接主张违约金。

2. 固定证据，证明乙方不配合的事实
   需通过书面催告、邮件、短信、录音等方式留存乙方拒绝配合的证据。例如：

   • 向乙方发送《履约催告函》，明确要求其限期配合，并保留送达凭证（如EMS回执）；
     
   • 若乙方口头拒绝，可通过电话录音或现场录像记录其表态；
     
   • 收集第三方（如监理、业主）的证人证言，证明乙方未履行义务。
     关键点：证据需体现乙方“无正当理由”拒绝配合，避免被反诉“甲方存在过错”。

3. 分情况选择解决路径

   • 协商或调解：若双方仍有合作意愿，可邀请行业协会、调解机构介入，通过妥协达成补充协议（如延长配合期限、调整违约金比例）。
     
   • 诉讼/仲裁：若协商无果，可根据合同约定向法院起诉或申请仲裁，主张：
     
     1. 要求乙方继续履行配合义务（如提交资料、签署文件）；
        
     2. 赔偿因乙方不配合导致的损失（如工期延误罚款、额外聘请第三方的费用）；
        
     3. 支付合同约定的违约金。
        注意：若工程已实际使用，可主张“事实验收”，并要求乙方承担质量保修责任。

4. 防范风险，避免被动

   • 若乙方不配合导致工程无法验收，可单方委托第三方机构进行检测，并留存检测报告作为证据；
     
   • 及时向业主或发包方通报情况，避免因乙方行为导致自身被追责；
     
   • 若乙方存在转移财产、歇业等风险，可申请财产保全，确保后续判决能执行。

总结：乙方不配合的核心应对策略是“以合同为依据，以证据为支撑，以法律为武器”。建议优先通过书面催告固定事实，再根据损失大小和对方态度选择协商或诉讼。若需进一步分析合同条款或制定具体方案，可随时向我提供材料，我会协助梳理法律风险点。