在合同纠纷中，若甲方不配合乙方，乙方可以采取以下措施来维护自身权益：
沟通协商：
- 法律背景：合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力。当一方不履行合同义务时，另一方有权要求其履行。
- 建议：乙方首先可以尝试与甲方进行友好沟通，明确表达甲方的违约行为及其对乙方造成的影响，要求甲方按照合同约定履行义务。这种方式成本最低，效率最高，且有助于维护双方的关系。
发送律师函：
- 法律背景：律师函是律师代表当事人向对方发出的正式法律文件，具有法律上的警示作用。
- 建议：如果沟通协商无果，乙方可以委托律师向甲方发送律师函，明确指出甲方的违约行为，并要求其在一定期限内纠正违约行为或承担违约责任。律师函的发送往往能促使对方重视问题，并可能促使双方重新进行协商。
提起诉讼或申请仲裁：
- 法律背景：根据合同约定或相关法律规定，当一方不履行合同义务时，另一方有权向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求对方承担违约责任。
- 建议：
- 诉讼：乙方可以向有管辖权的法院提起诉讼，要求法院判决甲方履行合同义务或承担违约责任。在诉讼过程中，乙方需要提供充分的证据证明甲方的违约行为及其造成的损失。
- 仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，乙方也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活，且裁决具有终局性，对双方都有约束力。
采取保全措施：
- 法律背景：在诉讼或仲裁过程中，为了防止甲方转移财产或逃避责任，乙方可以向法院申请采取保全措施，如冻结甲方的银行账户、查封甲方的财产等。
- 建议：如果乙方担心甲方可能转移财产或逃避责任，可以在提起诉讼或申请仲裁的同时，向法院申请采取保全措施。但需要注意的是，申请保全需要提供一定的担保，并承担保全错误可能带来的法律责任。
追究违约责任：
- 法律背景：根据合同法的规定，当一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定时，应当承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。
- 建议：在诉讼或仲裁过程中，乙方可以要求甲方承担违约责任，包括赔偿乙方因甲方违约行为造成的损失。损失的计算应当合理、合法，并能够提供充分的证据支持。
在处理此类问题时，乙方还需要注意以下几点：
- 保留证据：乙方应当妥善保留与合同履行相关的所有证据，包括合同文本、沟通记录、付款凭证等。这些证据在后续的沟通协商、诉讼或仲裁过程中都将起到关键作用。
- 及时行动：一旦发现甲方不配合或存在违约行为，乙方应当及时采取行动，避免错过最佳的维权时机。
- 寻求专业帮助：如果乙方对法律程序不熟悉或担心自己无法有效处理纠纷，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助乙方更好地维护自身权益。
若你遇到甲方不配合的情况，且不清楚如何具体操作，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。