结论：员工拿了公司剩菜，公司以此为由进行离职处理是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、拿剩菜行为的性质及严重程度等因素。以下为具体分析：

若公司规章制度有明确规定且合理合法

1. 规章制度有明确规定：如果公司的规章制度中明确规定，员工不得私自拿取公司财物（包括剩菜），且该规章制度是经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、已向员工公示（如组织学习、签字确认等），那么员工违反此规定，公司可以依据规章制度进行处理。
2. 处理方式合法合理：但即便如此，公司以此为由直接解除劳动合同（即离职处理）也需要谨慎。如果拿剩菜的行为情节轻微，比如只是偶尔拿取少量剩菜，未对公司造成实际损失，也未影响公司的正常管理秩序，那么公司直接解除劳动合同可能构成违法解除。此时，员工有权要求公司继续履行劳动合同或者支付违法解除劳动合同的赔偿金（按照经济补偿标准的二倍计算，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿）。
3. 情节严重可解除合同：如果员工拿剩菜的行为情节严重，比如多次拿取、大量拿取，或者拿取剩菜后进行倒卖等谋取私利的行为，给公司造成了较大损失或者严重影响了公司的管理秩序，那么公司依据规章制度解除劳动合同可能是合法的。

若公司规章制度无相关规定或规定不合法

1. 无相关规定：如果公司的规章制度中没有对员工拿取剩菜的行为作出规定，那么公司以此为由进行离职处理就缺乏依据。此时，公司不能随意解除劳动合同，否则可能构成违法解除，员工可以按照上述违法解除的情况主张权利。
2. 规定不合法：如果公司的规章制度虽然有相关规定，但该规定违反了法律法规的强制性规定或者公序良俗，比如规定员工拿取剩菜就要处以极其严厉的处罚，那么该规定是无效的。公司依据无效的规章制度进行离职处理也是不合法的，员工同样可以主张自己的合法权益。

建议

1. 对于公司：公司应当完善规章制度，明确员工的行为规范和相应的处罚措施，并且确保规章制度的制定程序合法、内容合法合理。在处理员工违规行为时，要根据行为的性质和严重程度，依法依规进行处理，避免过度处罚。
2. 对于员工：如果公司以此为由进行离职处理，员工可以要求公司说明处理的依据和理由。如果认为公司的处理不合法，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

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