事业单位扣基础绩效是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法扣减基础绩效的情形
规章制度明确且合法：
- 如果事业单位的规章制度中明确规定了基础绩效的扣减条件和程序，且这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么在符合这些条件的情况下，扣减基础绩效是合法的。
- 例子：某事业单位规章制度规定，员工因严重违反工作纪律或造成重大损失的，可以扣减一定比例的基础绩效。若某员工确实存在此类行为，且扣减比例和程序均符合规定，则扣减行为合法。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了基础绩效的扣减条件和方式，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么事业单位在符合约定条件的情况下扣减基础绩效也是合法的。
- 例子：劳动合同中约定，员工在试用期内未达到考核标准的，可以扣减一定比例的基础绩效。若某员工在试用期内确实未达到考核标准，且扣减比例和程序均符合合同约定，则扣减行为合法。
法定情形：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，事业单位在特定情况下（如员工旷工、事假等）可以扣减工资，包括基础绩效。但扣减的比例和程序需符合法律法规的规定。
- 例子：员工因事假未出勤，事业单位按照规章制度或劳动合同约定扣减其事假期间的基础绩效，这是合法的。
二、违法扣减基础绩效的情形
无合法依据扣减：
- 如果事业单位没有明确的规章制度或劳动合同约定作为扣减基础绩效的依据，或者规章制度、劳动合同约定违反法律法规的强制性规定，那么扣减基础绩效就是违法的。
- 例子：事业单位未经员工同意，擅自扣减其基础绩效，且没有合理的解释或依据，这种行为就是违法的。
扣减比例过高或程序违法：
- 即使事业单位有合法的扣减依据，但如果扣减比例过高或扣减程序违反法律法规或规章制度的规定，也可能构成违法。
- 例子：规章制度规定员工因轻微违纪可以扣减5%的基础绩效，但事业单位却扣减了20%，这种行为就是违法的。或者，扣减前未按照规章制度规定的程序进行通知或听取员工意见，也可能构成违法。
三、法律建议
审查规章制度和劳动合同：
- 如果你认为事业单位扣减你的基础绩效违法，首先应审查事业单位的规章制度和劳动合同，看是否有明确的扣减依据和程序。
与事业单位协商：
- 如果发现扣减行为违法或不合理，可以与事业单位进行协商，要求其纠正违法行为或提供合理的解释和依据。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，每个具体案件的情况都是独特的，如果你对事业单位扣减基础绩效的行为有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。