指定管辖刑事案件的行政处罚主管机关的认定，需结合案件性质、管辖权转移情况及法律规定综合判断，具体认定规则如下：

1. 基础原则：行政处罚与刑事管辖的分离性
   行政处罚与刑事管辖分属不同法律体系，刑事案件的指定管辖（如公安机关、检察院、法院的管辖权调整）不直接决定行政处罚的主管机关。行政处罚的主管机关仍需根据《行政处罚法》及单行法律（如《治安管理处罚法》《环境保护法》等）确定的职责范围认定。
   例如：某环境污染案件被指定由A地公安机关刑事立案，但行政处罚（如罚款、吊销许可证）仍由具有环境监管职权的B地生态环境部门作出。

2. 指定管辖对行政处罚主管机关的影响场景

   • 场景一：刑事案件指定管辖后，行政处罚需同步移交
     若刑事案件与行政处罚存在紧密关联性（如同一违法行为既涉嫌犯罪又需行政处罚），且刑事管辖机关与行政处罚机关地域或职能重叠，可能通过内部协调机制将行政处罚权一并移交至指定管辖机关对应的行政部门。
     法律依据：《行政处罚法》第27条：“违法行为涉嫌犯罪的，行政机关应当及时将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。对依法不需要追究刑事责任或者免予刑事处罚，但应当给予行政处罚的，司法机关应当及时将案件移送有关行政机关。”
     实践操作：公安机关在侦查刑事案件时，若发现需行政处罚（如赌博案件中的罚款），可能通过内部文件将处罚权交由指定管辖地的公安机关治安部门处理。

   • 场景二：刑事案件指定管辖后，行政处罚仍由原机关管辖
     若刑事案件与行政处罚无直接关联（如刑事案件为诈骗，行政处罚为违反市场监管规定），或行政处罚机关与刑事管辖机关无隶属关系，则行政处罚仍由原法定主管机关（如市场监管局、税务局等）行使。
     例如：某公司因虚开发票被指定由A地法院审理刑事案件，但其偷税漏税的行政处罚仍由B地税务局作出。

3. 特殊情形：跨区域行政处罚的管辖规则
   若刑事案件指定管辖涉及跨区域（如从甲省移交至乙省），行政处罚的管辖需遵循“违法行为发生地”优先原则，结合以下规则认定：

   • 违法行为发生地包括实施地和结果发生地（《行政处罚法》第22条）；
     
   • 若多个机关均有管辖权，由最先立案的机关管辖（《行政处罚法》第25条）；
     
   • 对管辖发生争议的，报请共同的上一级行政机关指定管辖（《行政处罚法》第25条）。
     例如：某网络诈骗案件由甲省公安机关指定乙省公安机关侦查，但受害人所在地为丙省，此时行政处罚（如冻结账户）可能由丙省公安机关或金融监管部门根据职权分工处理。

总结建议：

1. 优先核查行政处罚事项的法定主管机关（如环保案件找生态环境局、税务案件找税务局）；
   
2. 若刑事指定管辖导致行政处罚权移交，需以书面移送文件或协调机制为准；
   
3. 跨区域案件中，及时与共同上级机关沟通，避免管辖冲突。
   

如有具体案件细节（如案件类型、管辖移交文件等），可进一步提供信息以便精准分析。