结论前置：单位以考勤不在岗为由在劳动仲裁或诉讼中作为抗辩理由是否合法，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为您详细阐述：
一、合法情形
规章制度合法且已公示：
- 若单位有合法制定并经民主程序通过的规章制度，且该制度明确规定了考勤要求及不在岗的处理方式，同时该制度已向员工公示或告知，那么单位以考勤不在岗为由进行抗辩，在法律上是有依据的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
员工确实存在不在岗情况：
- 若单位能提供确凿证据（如监控录像、考勤记录、同事证言等）证明员工确实存在不在岗的情况，且该不在岗行为违反了单位的规章制度或劳动合同约定，那么单位以此为由进行抗辩是合法的。
二、不合法情形
规章制度不合法或未公示：
- 若单位的规章制度未经过民主程序制定，或者未向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。单位以此为由进行抗辩，可能不会被法院或仲裁机构采纳。
单位无法提供充分证据：
- 若单位无法提供确凿证据证明员工不在岗，或者提供的证据存在瑕疵（如考勤记录不完整、监控录像模糊等），那么单位以此为由进行抗辩，可能会因证据不足而败诉。
不在岗有合理理由：
- 若员工不在岗有合理理由（如请假、外出办公等），且已按照单位规定履行了相关手续，那么单位以此为由进行抗辩是不合法的。
三、法律建议
对于员工：
- 若您被单位以考勤不在岗为由进行抗辩，首先应查看单位的规章制度是否合法且已公示。
- 其次，收集并保留好自己不在岗的合理理由及相关证据（如请假条、外出办公记录等）。
- 最后，在仲裁或诉讼过程中，积极举证反驳单位的抗辩理由。
对于单位：
- 若您打算以考勤不在岗为由进行抗辩，请确保您的规章制度合法且已公示。
- 同时，收集并保留好员工不在岗的确凿证据。
- 在仲裁或诉讼过程中，清晰、有条理地陈述抗辩理由，并出示相关证据。
最后，劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和证据收集，若您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。