协议双方确实可以通过补充协议来认定部分条款暂时无效，但这一行为需要满足一定的法律条件和程序。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律原则与规定

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有自愿订立合同、变更合同和解除合同的权利。因此，双方通过补充协议来认定部分条款暂时无效，本质上是对原合同的一种变更，是合同自由原则的体现。

2. 合同变更的条件：合同变更需要双方当事人协商一致，并且变更的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。如果双方通过补充协议来认定部分条款暂时无效，必须确保这一变更符合上述条件。

二、实际操作与注意事项

1. 明确变更内容：在补充协议中，双方需要明确指出哪些条款被认定为暂时无效，以及暂时无效的期限和条件。这有助于避免未来可能出现的争议和误解。

2. 书面形式：为了确保补充协议的法律效力，双方应当采用书面形式来订立补充协议。书面形式可以提供更明确的证据，有助于在争议发生时维护双方的权益。

3. 不违反法律强制性规定：双方在认定部分条款暂时无效时，必须确保这一行为不违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果原合同中的某些条款涉及公共利益或国家安全，那么这些条款可能无法被认定为暂时无效。

4. 考虑合同整体性：在认定部分条款暂时无效时，双方还需要考虑合同的整体性和连贯性。如果部分条款的暂时无效会导致合同无法履行或履行变得不合理，那么双方可能需要重新协商或考虑解除合同。

三、法律后果与风险

1. 法律效力：如果补充协议符合法律条件和程序，那么它将对双方产生法律效力。被认定为暂时无效的条款在约定的期限内将不具有约束力，双方无需按照这些条款履行义务。

2. 争议解决：如果双方在补充协议的履行过程中发生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议时，法院或仲裁机构将依据补充协议的内容以及相关法律法规进行裁决。

3. 风险防范：为了降低风险，双方在订立补充协议前应当进行充分的沟通和协商，确保双方对变更内容有清晰的认识和理解。同时，双方还可以考虑在补充协议中约定争议解决方式和违约责任等条款，以进一步保障双方的权益。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中约定了交货时间和付款方式等条款。后来，由于市场变化或其他原因，双方协商一致决定通过补充协议来认定交货时间条款暂时无效，并约定了新的交货时间。在这种情况下，只要补充协议符合法律条件和程序，那么它将对双方产生法律效力，双方应当按照新的交货时间履行义务。

总结与建议：协议双方可以通过补充协议来认定部分条款暂时无效，但必须确保这一行为符合法律条件和程序。在实际操作中，双方应当明确变更内容、采用书面形式、不违反法律强制性规定，并考虑合同的整体性和连贯性。如果双方在补充协议的履行过程中发生争议或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。