协议中存在无效条款时，其他条款的效力需根据具体情况分析，并非一律无效。以下从不同角度为您详细阐述：
一、法律原则与条款独立性
部分无效不影响其他部分效力
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。这意味着，若协议中的无效条款与其他条款相互独立，且无效部分不影响其他部分的履行和合同目的实现，则其他条款仍可继续履行。
举例：在房屋租赁合同中，若违约金条款因显失公平被认定无效，但租金、租赁期限等条款无违法违规问题，则这些条款仍有效，双方需按约定履行。
争议解决条款的独立性
根据《民法典》第五百零七条，合同不生效、无效、被撤销或终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款效力。因此，即使协议整体无效，仲裁条款、选择法院管辖条款等争议解决条款仍可作为确定争议解决途径的依据。
举例：若协议因违反法律强制性规定被认定无效，但其中约定了“因本协议产生的争议由A地法院管辖”，则该条款仍有效，双方需按约定向A地法院起诉。
二、无效条款与其他条款的关联性
条款相互独立时，其他条款有效
若无效条款与其他条款无直接关联，或关联性较弱，不影响其他条款的履行和合同目的实现，则其他条款仍有效。
举例：在买卖合同中，若关于质量标准的条款因违反国家标准被认定无效，但价格、付款方式、交货时间等条款无违法违规问题，则这些条款仍有效，双方需按约定履行。
条款关联紧密时，可能影响其他条款效力
若无效条款与其他条款关联紧密，导致合同目的无法实现，则可能影响其他条款的效力。此时，双方需重新协商、变更或解除合同。
举例：在合作开发合同中，若关于利润分配的条款因违反公平原则被认定无效，且该条款是合同的核心条款，直接影响双方的合作意愿和合同目的实现，则其他条款（如合作方式、期限等）的效力也可能受到影响，双方需重新协商合作方案。
三、法律后果与责任承担
返还财产与折价补偿
根据《民法典》第一百五十七条，协议无效后，行为人因协议取得的财产应予返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。
举例：若协议因欺诈被认定无效，一方已支付款项但未取得对方提供的服务或货物，则收款方需返还已收款项；若服务或货物已消耗或无法返还，则需折价补偿。
过错方赔偿损失
有过错方应赔偿对方由此所受到的损失；双方均有过错的，应各自承担相应的责任。
举例：若协议因一方提供虚假信息被认定无效，导致对方遭受经济损失，则提供虚假信息方需赔偿对方损失；若双方均有过错（如一方未尽审查义务，另一方提供虚假信息），则双方需按过错程度分担损失。
四、实务建议
审查协议条款：在签订协议前，务必仔细审查每一条款，确保无违法违规内容，避免因条款无效导致合同目的无法实现。
明确条款关联性：在协议中明确各条款之间的关联性，避免因部分条款无效影响其他条款的效力。例如，可在协议中约定“若某条款无效，不影响其他条款的效力”。
约定争议解决方式：在协议中明确约定争议解决方式（如仲裁或诉讼），并确保该条款具有独立性，即使协议整体无效，该条款仍可作为确定争议解决途径的依据。
及时咨询律师：若对协议条款的效力有疑问，或协议已因部分条款无效产生争议，建议及时咨询专业律师，以便采取合适的法律措施维护自身权益。
总结：协议中存在无效条款时，其他条款的效力需根据具体情况分析。若无效条款与其他条款相互独立，且不影响其他部分的履行和合同目的实现，则其他条款仍有效；若无效条款与其他条款关联紧密，导致合同目的无法实现，则可能影响其他条款的效力。在实务中，建议仔细审查协议条款、明确条款关联性、约定争议解决方式，并在必要时及时咨询律师。