结论前置：补充协议可以约定原协议失效，但需满足一定条件，且需注意相关法律风险。
一、补充协议约定原协议失效的合法性
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在平等自愿的基础上，通过协商一致对原合同进行修改或补充。因此，补充协议中约定原协议失效，本质上是双方对原合同权利义务关系的重新安排，符合意思自治原则。
补充协议的有效性：
- 补充协议作为原合同的补充或变更，其有效性取决于是否满足合同成立和生效的要件。若补充协议内容合法、意思表示真实、不违反法律强制性规定或公序良俗，且双方已签字盖章确认，则该补充协议有效，其中关于原协议失效的约定亦有效。
二、补充协议约定原协议失效需注意的事项
明确约定失效范围：
- 补充协议中应明确约定原协议失效的具体范围，是全部失效还是部分失效。若仅约定部分失效，则需清晰界定失效的条款或内容，避免产生歧义。
考虑原协议的性质和目的：
- 在约定原协议失效时，需考虑原协议的性质和目的。若原协议涉及国家利益、社会公共利益或第三人利益，则补充协议中关于原协议失效的约定可能受到限制或无效。
遵循法定程序：
- 若原协议涉及需要办理批准、登记等手续才能生效的情形，则补充协议中关于原协议失效的约定亦需遵循相应法定程序。否则，该约定可能因未履行法定程序而无效。
避免恶意串通：
- 双方在签订补充协议时，应避免恶意串通损害国家、集体或第三人利益。否则，该补充协议（包括其中关于原协议失效的约定）将被认定为无效。
三、补充协议约定原协议失效后的法律后果
原协议权利义务终止：
- 若补充协议中明确约定原协议失效，且该约定有效，则原协议中的权利义务关系将终止。双方需按照补充协议的约定履行新的权利义务。
可能产生的纠纷：
- 若补充协议中关于原协议失效的约定存在歧义或争议，或一方违反补充协议的约定，则可能产生纠纷。此时，双方需通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
四、实例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲向乙购买一批货物。后因市场变化，双方协商一致通过补充协议约定原买卖合同失效，并重新签订了一份新的买卖合同。在此情况下，若补充协议内容合法、意思表示真实、已签字盖章确认，则原买卖合同将失效，双方需按照新的买卖合同履行义务。
建议：在签订补充协议约定原协议失效时，双方应谨慎行事，确保补充协议的内容合法、明确且无歧义。同时，要确保签订过程符合法律法规要求，避免出现欺诈、胁迫等不正当行为。若对补充协议的效力或内容存在疑问，可以直接向我咨询，以避免潜在的法律风险和纠纷。