当补充协议约定与原约定不一致时，一般以后签订的补充协议为准，但前提是补充协议的签订合法有效，且不存在与原合同根本性质和目的相冲突的情形。若原合同或补充协议中有特别约定，则按照该约定执行。以下是对此问题的详细分析：

1. 有约定从约定

   • 如果原合同和补充协议中明确规定了二者不一致时的处理方式，例如“若补充协议与本合同不一致，以补充协议为准”等类似条款，那么应当按照此约定执行。这是基于双方当事人的真实意思表示，体现了合同自由的原则。例如，原合同中写明“本合同与补充协议不一致之处，以补充协议为准”，那么在出现不一致时，就直接依据补充协议内容执行。

2. 一般以后签订的为准

   • 在没有特别约定的情况下，根据《民法典》的相关规定及法律实践，补充协议作为对原合同的变更和补充，通常反映了双方当事人在原合同基础上的新合意。因此，在不一致的地方，一般以补充协议的内容为准。比如，原合同约定货物交付时间为某月某日，而补充协议变更为另一日期，且没有冲突处理约定，那么就应按照补充协议中确定的时间为准进行货物交付。

3. 特殊情况需审慎判断

   • 补充协议无效或可撤销：如果补充协议的签订存在欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等导致合同无效或可撤销的法定事由，即使补充协议在时间上后于原合同，其不一致的部分也不能取代原合同内容。受不利影响的当事人有权请求人民法院或仲裁机构撤销该补充协议，撤销后该部分内容无效，仍应以原合同为准。
   • 性质与目的冲突：如果补充协议的内容与原合同的根本性质和目的相冲突，且这种冲突影响了双方当事人的核心利益，那么需要综合考虑各种因素来判断如何适用。此时，应仔细分析补充协议的合理性和合法性，以及是否符合双方的真实意思表示和合同的整体目的。例如，原合同是关于买卖特定类型货物的合同，而补充协议却将货物类型完全变更，且这种变更与原合同的根本目的相悖，那么就需要审慎判断如何适用。

4. 部分条款冲突的处理

   • 若仅部分条款不同，仅针对这些冲突条款以补充协议为准，原合同中其他未冲突的条款继续有效并履行。例如，原合同关于价款、交货方式等条款清晰，而补充协议仅变更了质量标准，那么价款、交货方式等按原合同执行，质量标准按补充协议执行。

在处理补充协议与原合同不一致的问题时，建议双方首先仔细审查两份文件的具体内容，找出不一致点，并分析其对合同履行和双方权益的影响。如果无法确定如何处理或存在争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。