补充协议双方签字，在大多数情况下是有效的，但具体效力还需结合实际情况及法律规定综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、签字的法律效力

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，签字是合同成立的一种有效方式，具有法律约束力。因此，在补充协议上，双方当事人的签字原则上能够证明双方就补充内容达成了一致的意思表示，从而使协议生效。

二、影响效力的其他因素

尽管签字是合同成立的重要条件，但并非决定补充协议有效性的唯一因素。以下情形可能影响补充协议的效力：

1. 约定生效条件未达成：

   • 如果补充协议中明确规定了生效的特定条件（如公证、交付定金等），则仅签字不足以使协议生效，必须满足这些条件。例如，双方约定补充协议需经公证后生效，那么即使双方已经签字，但未经公证，该协议也尚未生效。

2. 违反法律法规强制性规定：

   • 补充协议的内容若违反了法律、行政法规的强制性规定，或违背公序良俗，即使双方签字，该协议也是无效的。例如，补充协议中约定了违法交易的内容，这样的条款是无效的，整个协议也可能因此受到影响。

3. 主体不适格：

   • 签订补充协议的双方当事人必须具有相应的民事行为能力。如果一方或双方为无民事行为能力人，则所签补充协议无效。例如，未成年人或精神病人签订的补充协议，可能因主体不适格而无效。

4. 原合同的形式要求：

   • 若原合同明确要求补充协议需采用书面形式并满足特定形式要件（如盖章、按指印等），则仅签字可能不足以使补充协议生效。例如，原合同中约定补充协议需双方盖章后生效，那么仅签字而未盖章的补充协议可能尚未生效。

三、实践建议

为确保补充协议的有效性和合法性，我建议采取以下措施：

• 仔细审查协议内容：在签订补充协议前，应仔细审查协议内容，确保其不违反法律法规和公序良俗，且符合双方的真实意愿。
• 确认主体资格：确认双方当事人都具有完全民事行为能力，能够独立承担民事责任。
• 遵守原合同形式要求：如原合同有特定形式要求，应严格遵守，确保补充协议的形式符合原合同的规定。
• 保留相关证据：在签订和履行补充协议过程中，应保留好相关证据，如签字文件、履行凭证等，以备不时之需。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，后来因市场变化需要调整价格，于是双方签订了一份补充协议。如果这份补充协议上双方都签了字，且没有违反法律法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，同时双方都具有完全民事行为能力，那么这份补充协议就是有效的。但如果补充协议中约定了需要公证后生效，而双方并未进行公证，那么这份补充协议就尚未生效。

综上所述，补充协议双方签字在大多数情况下是有效的，但具体效力还需结合实际情况及法律规定进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。