结论：在未签订合同的情况下，甲方仅因认为乙方违约而全额扣除履约保证金，这一行为通常是不合法的。乙方可以采取多种措施来维护自己的合法权益。

分析：

1. 合同未签订的法律后果：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，是设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。在合同未签订的情况下，双方之间的权利义务关系尚未明确，因此，甲方不能单方面依据所谓的“违约”来扣除乙方的履约保证金。
   • 履约保证金通常是在合同签订后，作为乙方履行合同义务的一种担保。在合同未成立时，履约保证金的存在和扣除都缺乏法律依据。

2. 甲方行为的合法性分析：

   • 甲方认为乙方违约，但这一认定需要基于合同的具体条款和双方的约定。在合同未签订的情况下，甲方无法提供有效的合同依据来支持其扣除履约保证金的行为。
   • 除非双方在合同签订前有明确的约定（如意向书、备忘录等），且该约定中明确规定了履约保证金的扣除条件和方式，否则甲方的行为可能构成违约或侵权。

3. 乙方的应对措施：

   • 与甲方协商：乙方可以首先尝试与甲方进行协商，了解甲方扣除履约保证金的具体原因和依据，并尝试达成和解。
   • 要求返还保证金：如果协商无果，乙方可以书面形式要求甲方返还被扣除的履约保证金，并说明合同未签订、甲方行为不合法的理由。
   • 寻求法律救济：如果甲方拒绝返还保证金，乙方可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁（如果双方有仲裁协议的话），要求甲方返还保证金并承担相应的法律责任。

4. 可能的法律后果：

   • 如果法院或仲裁机构认定甲方的行为不合法，甲方可能需要返还被扣除的履约保证金，并可能因违约或侵权而承担赔偿责任。
   • 如果乙方在合同签订过程中存在过错（如故意拖延签订合同、提供虚假信息等），乙方也可能需要承担一定的法律责任。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。

建议：

• 乙方在签订合同前应仔细审查合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
• 如果甲方要求支付履约保证金，乙方应要求甲方提供明确的合同依据和扣除条件，并在合同中明确约定。
• 在发生争议时，乙方应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果，并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。