核心结论：乙方违约时，甲方处理违约保证金的方式主要取决于合同约定及法律规定，一般可采取扣除保证金、要求继续履行或赔偿损失等措施，具体分情况说明如下：
合同有明确约定违约保证金处理方式
- 若合同中明确规定了乙方违约时违约保证金的处理方式（如直接扣除、部分扣除或作为违约金等），甲方应首先按照合同约定执行。这是基于合同自治原则，双方当事人在合同中约定的条款，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，均应受到法律保护。
- 示例：合同中约定“若乙方违约，甲方有权扣除全部违约保证金作为违约金”，则甲方在乙方违约时，可直接依据此条款扣除保证金。
合同未明确约定违约保证金处理方式，但约定了违约金或损失赔偿
- 若合同中未明确约定违约保证金的具体处理方式，但约定了违约金或损失赔偿条款，甲方可根据实际损失情况，选择要求乙方支付违约金或赔偿损失。此时，违约保证金可能作为乙方支付违约金或赔偿损失的一部分或全部。
- 注意：根据《民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，甲方在主张违约金时，应确保违约金金额合理，避免过高或过低。
- 示例：合同中约定“若乙方违约，应支付甲方合同总价款10%的违约金”，同时乙方已支付违约保证金。若违约金金额高于违约保证金，甲方可要求乙方补足差额；若违约金金额低于违约保证金，甲方可扣除相应金额作为违约金，并退还剩余保证金（如有）。
合同既未明确约定违约保证金处理方式，也未约定违约金或损失赔偿
- 若合同中既未明确约定违约保证金的处理方式，也未约定违约金或损失赔偿条款，甲方在乙方违约时，可依据实际损失情况，要求乙方承担赔偿责任。此时，违约保证金可能作为乙方赔偿损失的一部分或全部，具体取决于甲方的实际损失及乙方的赔偿能力。
- 建议：在此情况下，甲方应尽快收集相关证据（如合同、付款凭证、损失证明等），以证明其实际损失情况，并据此向乙方主张赔偿。
- 示例：合同中未约定违约保证金及违约金条款，乙方违约导致甲方遭受实际损失10万元。若乙方已支付违约保证金5万元，甲方可要求乙方再赔偿5万元以弥补其全部损失。
额外提醒：在处理违约保证金时，甲方应确保其行为符合合同约定及法律规定，避免采取过激或非法手段。若双方对违约保证金的处理存在争议，建议通过协商、调解或诉讼等合法途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。