当甲方违约时，关于保证金的赔偿问题，实际上更常涉及的是违约金的赔偿，这需要根据合同约定、法律规定以及实际损失来综合确定。以下是对此问题的详细解答：
一、首先查看合同约定
明确违约金（或保证金用作违约金）条款：
- 仔细审查合同中是否有关于违约金的明确条款，或者是否有条款规定保证金在违约情况下的处理方式。
- 如果合同中明确规定了违约金的计算方式或具体数额，或者规定了保证金将作为违约金进行赔付，那么双方应按照该约定执行。
注意违约金的性质：
- 违约金通常分为惩罚性违约金和补偿性违约金。了解违约金的性质有助于在违约发生时正确适用相关条款。
二、考虑相关法律规定
法定违约金或损失赔偿：
- 如果合同中没有明确约定违约金，但甲方违约确实给乙方造成了损失，那么乙方可以根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，要求甲方赔偿因其违约所造成的损失。
- 赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
违约金调整规则：
- 如果合同约定的违约金过高或过低，与实际损失不符，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少或增加。
三、评估实际损失
直接损失：
- 乙方应评估因甲方违约所遭受的直接经济损失，这些损失应尽可能通过提供发票、合同、银行流水等证据来证明。
间接损失：
- 除了直接损失外，乙方还可能遭受间接损失，如商业机会丧失、市场份额下降等。这些损失虽然难以量化，但也可以通过提供市场分析报告、客户流失记录等证据来辅助证明。
四、协商与争议解决
协商解决：
- 在发现甲方违约后，乙方可以尝试与甲方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。通过协商达成一致可以避免不必要的法律纠纷，并节省时间和成本。
提起诉讼或仲裁：
- 如果协商无果，乙方可以向人民法院提起诉讼或根据合同中的仲裁条款申请仲裁，要求甲方承担违约责任并赔偿损失（包括保证金作为违约金的部分）。
- 在诉讼或仲裁过程中，乙方需要提供充分的证据来证明甲方的违约行为以及自己所遭受的损失。
综上所述，甲方违约时的保证金（或违约金）赔偿方式需综合考量合同约定、法律规定以及实际损失等多个因素。在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。