结论前置：在合约约定违约方需被扣除合同保证金，但未明确保证金比例的情况下，司法实践中可能会根据违约的具体情况、给对方造成的损失等因素来综合判断和确定保证金的扣除数额。
详细分析：
合同约定不明确时的处理原则：
- 当合同中的条款存在不明确或遗漏时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。在保证金比例未明确的情况下，若双方能就保证金比例达成补充协议，则按补充协议执行。
司法实践中的判断因素：
- 若合同未明确约定保证金的计算方式，且双方无法达成补充协议，那么在司法实践中，法院可能会根据违约的具体情况、给对方造成的损失等因素来综合判断和确定保证金的扣除数额。例如，法院可能会考虑违约行为的性质、严重程度、持续时间，以及违约行为给对方造成的实际损失（包括直接损失和间接损失）等因素。
违约责任的承担方式：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在保证金比例未明确的情况下，违约方除了可能需要扣除一定数额的保证金外，还可能需要根据实际情况承担其他形式的违约责任，如赔偿损失等。
建议与注意事项：
- 明确合同条款：在签订合同时，双方应尽可能明确合同中的各项条款，包括保证金的计算方式、比例等，以避免后续产生纠纷。
- 协商解决：若合同中存在不明确或遗漏的条款，双方应首先尝试通过协商的方式解决争议。
- 寻求法律帮助：若协商无果，双方可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份合同，约定若一方违约，则违约方需被扣除合同保证金，但未明确保证金的比例。后因甲方违约，乙方要求扣除保证金。由于合同中未明确保证金比例，双方无法达成一致意见。此时，乙方可以提起诉讼，要求法院根据违约的具体情况、给乙方造成的损失等因素来确定保证金的扣除数额。法院在审理过程中，可能会考虑甲方违约行为的性质、严重程度、持续时间，以及乙方因甲方违约行为所遭受的实际损失等因素，从而作出合理的判决。
后续行动建议：
若您遇到类似情况，建议首先与对方进行协商，尝试达成补充协议以明确保证金的比例或计算方式。若协商无果，您可以考虑寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。在此过程中，您可以随时向我咨询相关法律问题，我将为您提供专业的法律意见和帮助。