针对有信赖利益的违建赔偿问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 信赖利益的定义与违建赔偿的关联性
   信赖利益是指当事人因信赖合同有效成立或对方履行承诺而产生的合理期待利益。在违建赔偿中，若行政相对人基于对行政机关的信赖（如取得许可、承诺不拆除等）投入成本建设，且该信赖具有正当性（如行政机关存在过错或未依法履职），则可能构成信赖利益保护的范围。但需明确，违建本身因违反《城乡规划法》《土地管理法》等强制性规定，原则上不具备合法性，赔偿需严格限定在信赖利益损失范围内。

2. 赔偿的法定条件与限制
   根据《行政许可法》第8条（信赖保护原则）及《国家赔偿法》相关规定，违建赔偿需满足以下条件：

   • 行政机关存在过错：如违法颁发建设许可、未依法履行告知义务或承诺不拆除等；
     
   • 相对人无重大过错：如未通过欺骗、贿赂等手段取得许可，且建设行为未严重违反规划；
     
   • 信赖利益与行政行为直接相关：赔偿范围限于实际投入成本（如建筑材料、人工费用等），不包括预期收益或违法所得。
     限制：若违建系完全无许可建设，或相对人明知违法仍建设，则信赖利益不成立，可能仅获少量补偿或无赔偿。

3. 赔偿范围与计算方式

   • 直接损失：包括建设成本、合理搬迁费用、临时安置费用等，需以实际支出凭证为准；
     
   • 间接损失：通常不予赔偿，但若行政机关存在重大过错导致相对人丧失其他合法机会（如因违建拆除错过其他投资），可能酌情支持；
     
   • 评估程序：需通过专业机构评估，或由法院根据证据酌情判定。
     示例：若相对人基于行政机关“暂不拆除”的口头承诺投入100万元建设，后因规划调整被拆除，且行政机关未依法履行告知义务，则可能获赔建设成本（需扣除折旧）及搬迁费用。

4. 实务操作建议

   • 证据固定：保留建设许可、行政机关承诺文件、投入成本凭证（如合同、发票）等；
     
   • 程序选择：优先通过行政复议或行政诉讼主张赔偿，若对结果不满可进入国家赔偿程序；
     
   • 风险规避：在建设前核实规划许可合法性，避免因行政机关内部程序瑕疵导致赔偿主张被驳回。

总结：违建赔偿需严格区分合法利益与信赖利益，赔偿范围以实际直接损失为限，且需证明行政机关存在过错。建议结合具体案情，通过法律程序主张权利，必要时委托律师协助评估证据与赔偿方案。