核心结论：在耕地上违建损坏的赔偿问题，需根据违建性质、损坏原因及责任主体等因素综合判断，赔偿范围通常包括直接损失和间接损失，但违建部分本身可能无法获得全额赔偿或不予赔偿。以下从不同角度展开分析：

1. 违建性质的认定与赔偿限制

• 违法建筑的法律地位：根据《土地管理法》和《城乡规划法》，未经批准在耕地上建设的建筑物属于违法建筑，不受法律保护。因此，违建部分本身的建造成本（如材料、人工等）可能无法通过法律途径主张全额赔偿，甚至可能面临行政处罚（如强制拆除、罚款）。
• 例外情形：若违建者能证明其对耕地享有合法使用权（如承包经营权），且违建行为未严重违反规划（如临时搭建用于农业生产），可能通过协商或诉讼争取部分补偿，但需以行政机关或法院的认定为前提。

2. 损坏原因与责任划分

• 第三方侵权（如他人故意破坏）：
  • 若损坏由第三方造成，违建者可要求侵权人赔偿实际损失（如修复费用、残值损失），但需扣除违建部分本身的违法性导致的价值减损。
  • 关键证据：需证明损坏行为与结果之间的因果关系（如现场照片、监控录像、鉴定报告），以及侵权人的过错（如故意或过失）。
• 行政机关强制拆除：
  • 若损坏系因行政机关依法强制拆除违建所致，根据《行政强制法》和《国家赔偿法》，行政机关仅对合法财产的损失承担赔偿责任。违建部分本身不属于合法财产，因此通常无法获得赔偿；但若拆除过程中损坏合法附属设施（如合法建造的围墙、水井），可主张赔偿。
• 自然灾害或不可抗力：
  • 若损坏由地震、洪水等不可抗力导致，违建者通常需自行承担损失，无法向他人主张赔偿。

3. 赔偿范围与计算方式

• 直接损失：包括修复违建所需的材料费、人工费等，但需以合理范围为限（如按市场价计算，排除奢侈性修复）。
• 间接损失：如因违建损坏导致耕地无法正常使用产生的收益损失（如农作物减产），需以实际损失为限，且需证明损失与违建损坏之间的直接关联。
• 免赔情形：若违建者存在过错（如故意阻挠拆除、未采取防护措施导致损失扩大），可能减轻或免除赔偿义务人的责任。

4. 实务建议

• 固定证据：立即对损坏现场拍照、录像，保留相关票据（如购买材料的发票），并委托第三方机构出具损失评估报告。
• 协商与诉讼：优先与责任方协商赔偿；若协商无果，可向法院提起民事诉讼（针对第三方侵权）或申请行政复议/诉讼（针对行政机关行为）。
• 合规整改：及时拆除违建部分，恢复耕地原状，避免因继续违法导致更严重的法律后果。

总结：耕地上违建损坏的赔偿需结合违建性质、损坏原因及责任主体综合判断，违建部分本身可能无法获得全额赔偿，但合法附属设施或实际损失可通过法律途径主张。建议根据具体情况咨询专业律师，制定针对性维权策略。