结论：某科长在做工程上出资合伙与他人一起做本单位工程，是否构成职务犯罪，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 职务犯罪的构成要件：

   • 职务犯罪通常指的是国家工作人员利用职务上的便利，实施侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为，或者滥用职权、玩忽职守等行为，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。
   • 在本案例中，关键在于科长是否利用了其职务上的便利，以及该行为是否损害了公共利益或单位利益。

2. 出资合伙做本单位工程的情况分析：

   • 若科长未利用职务便利：如果科长仅以个人身份出资，与其他合伙人共同参与工程，且未利用其职务上的便利（如未利用职权影响工程招标、未泄露单位内部信息等），则该行为一般不构成职务犯罪。但可能涉及其他法律问题，如违反单位内部规定或合同约定等。
   • 若科长利用职务便利：如果科长利用其职务上的便利，如通过职权影响工程招标、泄露单位内部信息以获取不正当利益，或者与合伙人串通损害单位利益等，则该行为可能构成职务犯罪，如贪污罪、受贿罪或滥用职权罪等。

3. 法律后果与风险：

   • 若构成职务犯罪：科长将面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、罚金等刑罚，同时可能影响其职业生涯和个人声誉。
   • 若不构成职务犯罪：但违反单位内部规定或合同约定的，科长可能面临单位内部的纪律处分或民事赔偿责任。

4. 建议与措施：

   • 对于科长：在参与工程出资合伙前，应仔细审查单位内部规定和合同约定，确保不违反相关规定；同时，应避免利用职务上的便利获取不正当利益，以维护个人声誉和避免法律风险。
   • 对于单位：应建立健全内部管理制度，明确员工参与外部活动的规定和限制；同时，加强对员工的教育和培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。

进一步思考：在实际操作中，职务犯罪的认定往往涉及复杂的法律事实和证据收集。因此，如果科长或单位对某行为是否构成职务犯罪存在疑问，建议及时咨询专业律师进行法律分析和风险评估。作为专业律师，我擅长处理取保候审、律师会见、诈骗犯罪、离婚、刑事辩护、职务犯罪、毒品犯罪、暴力犯罪等领域的法律问题。如有相关疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。