结论：在进一步放开建设项目专业服务价格后，招标代理费金额建议在合同中明确约定。

分析说明：

1. 法律法规基础与市场调节：

   • 根据《国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》(发改价格[2015]299号)等文件，招标代理服务收费标准已由政府指导价改为市场调节价。这意味着招标代理机构与招标人之间可以自主协商确定服务费用，但这一自主定价权并不免除双方在合同中明确约定服务费用的义务。

2. 合同明确性的重要性：

   • 在市场调节价体系下，招标代理费金额作为合同的重要组成部分，直接关系到双方的权利义务。明确约定招标代理费金额，可以避免后续因费用问题产生的争议和纠纷，保障合同的顺利履行。
   • 若合同中未明确约定招标代理费金额，可能导致双方在费用支付上产生分歧，甚至引发法律诉讼，增加不必要的交易成本和风险。

3. 实际操作中的建议：

   • 招标人在编制招标文件时，应明确招标代理服务费的收取标准、支付方式及支付主体等关键信息。这些信息不仅应在招标文件中注明，还应在与招标代理机构签订的合同中详细列明，以确保双方对费用问题有清晰、一致的认识。
   • 招标代理机构在提供服务前，也应与招标人充分沟通，明确服务内容和费用标准，并在合同中予以确认。这有助于维护双方的合法权益，促进市场的健康发展。

4. 特殊情况下的约定：

   • 尽管常规做法是由招标人支付招标代理服务费，但若招标人、招标代理机构与投标人有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费也可以由中标人支付。然而，这种约定同样必须在招标文件和合同中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。

法律后果提示：

• 若合同中未明确约定招标代理费金额，且双方后续无法就费用问题达成一致意见，可能引发合同纠纷。在纠纷解决过程中，法院或仲裁机构将根据合同条款、交易习惯、公平原则等因素综合判断费用承担问题，这可能增加双方的不确定性和风险。

建议行动：

• 作为招标人或招标代理机构，在签订合同时务必明确约定招标代理费金额及相关支付条款，以避免后续争议和纠纷。
• 若在合同履行过程中遇到费用问题或其他法律问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。