政府在招商引资协议中约定收取履约保证金在法律上存在一定限制，需分情况讨论其合法性及合规性，具体分析如下：

1. 法律框架下的基本原则
   根据《优化营商环境条例》第十九条，政府及其有关部门不得设定不合理的条件限制企业参与招商引资活动，且不得强制要求企业缴纳保证金或提供担保。若履约保证金的收取被认定为“不合理条件”或“变相强制”，则可能因违反该条款而无效。但若保证金条款基于双方自愿协商，且符合以下条件，则可能被认定为合法：

   • 目的合理性：保证金需用于确保企业履行协议中的核心义务（如投资规模、建设进度、税收承诺等），而非作为政府收入来源；
     
   • 金额适度性：保证金数额应与企业履约能力匹配，不得显著高于实际可能产生的损失；
     
   • 程序合规性：需通过地方性法规或规范性文件明确收取依据，并纳入财政专户管理，避免“小金库”风险。

2. 地方性法规的突破空间
   部分地方政府通过制定《招商引资优惠政策实施办法》等文件，允许在特定条件下收取保证金，但需满足以下要件：

   • 文件效力层级：地方性法规或政府规章可设定保证金条款，但部门规范性文件无权创设此类权利；
     
   • 退出机制：需明确保证金返还条件（如项目竣工验收后无违约行为即退还），避免长期占用企业资金；
     
   • 救济途径：企业有权对保证金收取提出异议，政府需提供行政复议或诉讼等争议解决渠道。

3. 实践中的风险点

   • 行政协议性质争议：招商引资协议若被认定为行政协议（而非民事合同），政府单方面设定保证金条款可能因违反“法无授权不可为”原则被撤销；
     
   • 审计风险：若保证金未纳入财政预算或未使用专用票据，可能被认定为违规收费，相关责任人需承担行政责任；
     
   • 企业维权成本：即使条款违法，企业通过诉讼主张返还保证金仍需承担举证责任及时间成本，可能影响投资信心。

建议：若政府拟在协议中设置保证金条款，应优先通过地方立法明确依据，并严格限定适用范围、金额及返还条件；企业签订协议前需核查条款合法性，必要时可要求政府出具合规性说明。如有具体协议文本需要审查，可直接向我提供细节进一步分析。